如何在 R 中分别合并 netcdf 文件？

Question

我是 R 的用户，希望得到以下帮助： 我有两个 netcdf 文件（每个尺寸为 30x30x365）和一个 30x30x366。这 3 个文件包含一年的每日数据，其中最后一个维度是指时间维度。我想将它们分开组合，即我希望输出文件包含 30x30x1096。

注意：我看到了一个类似的问题，但输出结果是我不想要的平均值（即 30x30x3）。

Answer 1

从我在下面看到的评论中，您似乎想在时间维度上合并 3 个文件。作为 R 的替代方案，您可以使用 cdo（气候数据运算符）从命令行快速执行此操作：

cdo mergetime file1.nc file2.nc file3.nc mergedfile.nc

或使用通配符：

cdo mergetime file?.nc mergedfile.nc

在ubuntu下cdo很容易安装：

sudo apt install cdo 

Answer 2

在不确切知道您拥有哪些维度和变量的情况下，这可能足以让您入门：

library(ncdf4)

output_data <- array(dim = c(30, 30, 1096))
files <- c('file1.nc', 'file2.nc', 'file3.nc')
days <- c(365, 365, 366)

# Open each file and add it to the final output array
for (i in seq_along(files)) {
    nc <- nc_open(files[i])
    input_arr <- ncvar_get(nc, varid='var_name')
    nc_close(nc)

    # Calculate the indices where each file's data should go
    if (i > 1) {
        day_idx <- (1:days[i]) + sum(days[1:(i-1)])
    } else {
        day_idx <- 1:days[i]
    }

    output_data[ , , day_idx] <- input_arr
}

# Write out output_data to a NetCDF. How exactly this should be done depends on what
# dimensions and variables you have.

# See here for more:
#   https://publicwiki.deltares.nl/display/OET/Creating+a+netCDF+file+with+R