使用 R 修剪多个数据帧中的数据答案

【问题标题】：Trim data in multiple data frames using R使用 R 修剪多个数据帧中的数据
【发布时间】：2013-10-05 03:01:07
【问题描述】：

这是我正在使用的数据结构：

head(total_stats[[1]])



 cellID         X         Y Area   AvgGFP DeviationGFP   AvgRFP DeviationsRFP Slice totalGFP totalRFP
1      1  7.645614  92.10175  285 4.880702     4.795811 31.98246     12.402424     0     1391     9115
2      2 11.246544 225.18664  434 4.179724     4.792214 21.69816      7.471494     0     1814     9417
3      3 17.641860 346.75194  645 5.973643     6.199398 23.16279      9.691027     0     3853    14940
4      4  8.267218 441.30854  363 5.641873     6.714264 16.78788      5.220197     0     2048     6094
5      5  5.390845 480.99296  284 6.045775     8.907932 26.59507     10.562691     0     1717     7553
6      6  6.728365 529.86779  416 5.038462     5.083255 24.06971     10.818433     0     2096    10013

...

我在“total_stats”中有 54 个这样的数据帧，它们被称为 slice1-54，每个包含约 700 行 - 每行对应一个单元格

我想根据列中的值排除单元格（行），然后将未排除的单元格（行）放入另一个名为“trimmed_stats”的对象中。

例如，我想排除以下单元格：

totalGFP < 2000

totalRFP < 9000

Area < 300

剩下的所有单元格（行）（totalGFP 大于 2000、totalRFP 大于 9000 和 Area 大于 50）我想放入另一个名为“trimmed_stats”的对象中，该对象保持与“ total_stats”（当然不包括不感兴趣的单元格）。

我知道这是可能的，但我很难把注意力集中在 plyr 包和应用函数上（学习过程很慢，但我认为随着示例的增多，修改起来会变得更容易）。

感谢您的帮助！

【问题讨论】：

标签： r dataframe subset

【解决方案1】：

由于 OP 中提到了plyr，所以我们开始：

library(plyr)
trimmed_stats <- llply(.data = total_stats, subset,
                       !totalGFP < 2000 & !totalRFP < 9000 & !Area < 300)

llply 将list 作为输入，并将结果作为list 给出。并以@SimonO101 为例：如果想要的结果是data 框架，请将llply 更改为ldply。

【讨论】：

【解决方案2】：

我希望你能提供一个可重复的小例子，但这应该会有所帮助：

#   Create a small function to extract the rows you are interested in
f <- function(x) x[ ! x$totalGFP < 2000 & ! x$totalRFP < 9000 & ! x$Area < 300 , ]

#  Apply it to each data.frame in your list
trim <- lapply( total_stats , f )

#  Combine the results into one data.frame if desired...
trimmed_stats <- do.call( rbind , trim )

【讨论】：

我猜最后一步是不必要的。他们提到他们希望结果具有与原始“total_stats”对象相同的结构。
@AnandaMahto 是的，同意。这就是我添加 if desired 位的原因！我也忘了他们正在寻找排除那些行，所以!。 :-)
@SimonO101 - 您将如何在 trimmed_stats 中保持每个切片分开？据我所知，这是将所有未排除的单元格组合成一个长数据框。让我知道这是否没有意义。 ..
@SimonO101 - 你能描述一下函数'f'是如何定义的吗？我想知道'！最后的“，”表示您正在修剪不符合指定削减的行吗？
@user2813055，您的问题在 R 的大多数介绍性材料中都有介绍。此外，Simon 对! 的使用在许多编程语言中绝非罕见，所以这应该是不言自明的！