如何在bash单行中传递两个参数？答案

【问题标题】：how to pass two parameter in bash single line?如何在bash单行中传递两个参数？
【发布时间】：2016-11-27 09:37:33
【问题描述】：

假设我有一个需要两个参数的命令，比如

bismark -1 R1_1.fastq -2 R1_2.fastq

实际上，R1_1.fastq 和 R1_2.fastq 可以用

ls *fastq | paste - -

或者可以通过

获得

echo samplelist.txt

我的问题是如何将这两个命令合并为一行？

ls *fastq | paste - - | xargs -n 2 | bismark -1 {} -2 {}

谢谢。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

while read f g
do
  bismark -1 "$f" -2 "$g"
done < samplelist.txt

或者：

xargs -n2 sh -c 'bismark -1 "$1" -2 "$2"' . < samplelist.txt

【讨论】：

【解决方案2】：

有了数组，就很简单了：

a=(*fastq) ;  bismark -1 "${a[0]}" -2 "${a[1]}"

【讨论】：

【解决方案3】：

使用 GNU Parallel，您可以：

ls *fastq | parallel -N2 bismark -1 {1} -2 {2}

【讨论】：