从 PHP 执行 R 脚本答案

【问题标题】：Executing R script from PHP从 PHP 执行 R 脚本
【发布时间】：2017-09-09 00:43:50
【问题描述】：

index.php:

<?php
    echo exec("Rscript foo.R");
?>

foo.R：

#!/usr/bin/env Rscript
print("Before!")
#library(rJava);
print("After!");

网页输出：

[1] "After!"

现在这是一个预期的输出，因为exec 返回命令结果的最后一行。现在因为我想访问需要rJava和RMongo库的mongodb数据库，所以我稍微修改了上面的代码。

foo.R：

#!/usr/bin/env Rscript
print("Before!")
library(rJava);
print("After!");

网页输出：

[1] "Before!"

现在我不明白这个输出。我期望与以前相同的输出，即[1] "After!"。就好像从库导入行开始的 R 代码根本不存在。我已经在R shell 中测试了上面的代码（以及我在从mongodb 抓取的数据上使用kmeans 的省略的代码），它按预期工作。

在 R 脚本中导入库有什么问题，该脚本应该从 PHP 执行？

更新 1：
有趣的是，如果我从命令行调用index.php，修改后的foo.R 会按照我的预期被调用和执行。

$ php index.php 
Loading required package: methods
[1] "After!"

所以我的结论是我的普通用户帐户可以执行index.php，这反过来可以在foo.R 中加载库，但似乎www-data 用户帐户没有权限在R 中加载库。

所以现在的问题是如何授予www-data 加载R 库的权限？

更新 2：
我通过将 apache 用户从 www-data 更改为我当前的用户暂时解决了这个问题，但我知道这是一个巨大的安全风险，我正在寻找替代解决方案。

【问题讨论】：

当www-user 无法加载R 库时，您是否准确检查过您在Apache 日志中遇到的错误？特别是，我认为您需要找到那些 R 库所在的位置。
另一种可能是用户www-data 的库搜索路径不正确，而不是权限问题。这些库是在系统范围内安装的，还是为您的本地用户安装的？
@merlin2011 哦！我觉得是后者！现在我记得我已经在我的主目录中安装了库。我现在将在系统范围内安装它们，并尝试使用默认的 apache 用户。请将此作为答案发布，以便我可以接受它是否有效:)

【解决方案1】：

首先，当 www-user 无法加载 R 库时，您应该准确检查 Apache 日志中出现的错误。两个最可能的罪魁祸首是权限错误和不正确的库搜索路径。

如果库是为本地用户而不是系统范围安装的，那么www-data 将无法找到它们，但 Apache 日志中的错误应该会显示此信息。

【讨论】：

【解决方案2】：

另一种选择可能是您不使用 PHP 直接执行 R 脚本。

您可以使用像Redis 这样的键值数据库或像Rabbitmq 这样的排队系统。与其直接执行脚本，不如向这些系统中的任何一个发送消息。

在命令行中执行一个 php 脚本，轮询这些系统中的任何一个以查找任何新消息，当它收到消息时，它会执行脚本并以脚本的结果作为响应。

所以它会变成一个双向的消息系统：

Script A ----> Queue ----> Script B  ----> R Script
R Script --result--> Script B ----> Queue ----> Script A

这是一个最初实施的系统有点复杂，但绝对安全且可扩展。

我建议你看看Celery。

【讨论】：