Docker 中的自定义 R 源程序包答案

【问题标题】：Custom R Source package in DockerDocker 中的自定义 R 源程序包
【发布时间】：2019-10-21 17:09:30
【问题描述】：

InfrastructureR_0.1.4.tar.gz 是我在 Windows 中使用 RStudio 创建的 R 源代码包，它运行良好。但是当我尝试使用命令在 docker 文件中使用它时 InfrastructureR_0.1.4.tar.gz 与 Docker 文件位于同一位置

Docker 在 ubuntu 18.x 机器上运行

RUN R -e "install.packages('InfrastructureR_0.1.4.tar.gz', dependencies=FALSE, verbose=TRUE, repos=NULL, type='source')" 它没有安装。

我通过sudo docker build -t myRApp s . 运行 docker 构建我收到以下错误消息

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
system (cmd0): /usr/lib/R/bin/R CMD INSTALL
Warning: invalid package ‘InfrastructureR_0.1.4.tar.gz’
Error: ERROR: no packages specified
Warning message:
In install.packages("InfrastructureR_0.1.4.tar.gz", dependencies = FALSE,  :
  installation of package ‘InfrastructureR_0.1.4.tar.gz’ had non-zero exit status

那么如何在 Docker 中安装自定义的 R 源码包

【问题讨论】：

乍一看，这与 Docker 无关。您是否尝试在 Linux 系统上从源代码安装软件包？也许在虚拟图像中？会发生什么？

标签： r docker ubuntu-18.04

【解决方案1】：

将 tar.gz 文件与 Dockerfile 放在同一目录中是不够的。要使本地文件可用于从映像创建的 Docker 容器，您可以使用 COPY 指令。

COPY 指令从<src> 复制新的文件或目录，并将它们添加到容器的文件系统中，路径为<dest>：

COPY [--chown=<user>:<group>] <src>... <dest>

Docker 文档中的更多内容：

https://docs.docker.com/engine/reference/builder/#copy

【讨论】：

【解决方案2】：

我认为需要将包复制到容器内，以便容器可以访问它。（或在 docker 有权访问的位置卷中）

在容器内运行的 R 找不到文件。

https://www.digitalocean.com/community/tutorials/how-to-share-data-between-the-docker-container-and-the-host

https://docs.docker.com/storage/bind-mounts/

【讨论】：