使用“shell”命令运行 Singularity 容器时自动源配置

Question

我使用奇异容器（从定义文件构建）来构建我的项目的代码。 我使用它的方式是使用singularity shell my_container.sif 运行容器，这样我的工作空间就安装在容器中，然后运行命令以在那里构建。

为了使构建工作，我首先需要获取一个配置文件来设置环境，创建一些别名等。这个配置文件是容器的一部分。所以目前在容器内我执行以下操作：

> source /setup.bash
> build_command

我想知道当我使用singularity shell 运行容器时，是否有办法让奇点自动获取/setup.bash 文件。我尝试使用定义文件中的%environment 部分，但似乎无法在那里创建别名。

Answer 1

别名不会在子shell 之间继承，因此目前无法通过$SINGULARITY_ENVIRONMENT 或%environment 传递这些别名。

一种选择是将别名转换为函数：

发件人：

alias build_command='pushd build_dir && ./configure && make && make install && popd'

收件人：

build_command() { pushd build_dir && ./configure && make && make install && popd ; }
export -f build_command

但是，Singularity 默认使用/bin/sh 进行初始环境处理，并且基于Debian 的系统将/bin/sh 符号链接到/bin/dash，并且dash 不支持将函数导出到我发现的子shell。如果使用 Debian 系列中的操作系统，您可能会无法手动获取具有别名/函数的文件。

---

在您定义的%post 部分，您可以回显到$SINGULARITY_ENVIRONMENT。

From the docs:

%post
    apt-get update && apt-get install -y netcat
    NOW=`date`
    echo "export NOW=\"${NOW}\"" >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT

在你的情况下，你会做echo "alias something='something else' >> $SINGULARITY_ENVIRONMENT。执行附加重定向>> 很重要，因为您不想破坏现有的环境文件。