为 R 脚本运行 Singularity 容器时出错

Question

我正在构建一个 Singularity 容器，以使用 LidR 软件包运行自定义 R 脚本进行树分割。

我已经这样写了奇点定义文件：

Bootstrap: docker
From: ubuntu:20.04

%setup
    touch test.R
    touch treeSeg_dalponte2016.R
    touch /home/ljeasson/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rgdal/libs/rgdal.so
    
%files
    test.R
    treeSeg_dalponte2016.R
    /home/ljeasson/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rgdal/libs/rgdal.so

%post
    # Disable interactivity, including region and time zone
    export DEBIAN_FRONTEND="noninteractive"
    export DEBCONF_NONINTERACTIVE_SEEN=true
        
    # Update apt and install necessary libraries and repositories
    apt update
    
    apt install -y build-essential r-base-core software-properties-common dirmngr apt-transport-https lsb-release ca-certificates
    
    add-apt-repository ppa:ubuntugis/ubuntugis-unstable
    
    apt install -y libgdal-dev libgeos++-dev libudunits2-dev libproj-dev libx11-dev libgl1-mesa-dev libglu1-mesa-dev libfreetype6-dev libnode-dev libxt-dev libfftw3-dev
    
    apt clean
    
    
    # Install necessary R packages and dependencies
    R -e "install.packages('lidR', dependencies = TRUE)"
    R -e "install.packages('raster', dependencies = TRUE)"
    R -e "install.packages('sf', dependencies = TRUE)"
    R -e "install.packages('dplyr', dependencies = TRUE)"
    
    R -e "install.packages('rgdal', dependencies = TRUE, repos='https://cran.rstudio.com', configure.args=c('--with-gdal-config=/opt/conda/bin/gdal-config', '--with-proj-include=/opt/conda/include', '--with-proj-lib=/opt/conda/lib', '--with-proj-share=/opt/conda/share/proj/'))"
            
    R -e "install.packages('gdalUtils', dependencies = TRUE, repos='https://cran.rstudio.com')"
    
    
%test
    #!/bin/bash
    R --version
    Rscript test.R
    

%runscript
    #!/bin/sh
    echo "Arguments received: $*"
    Rscript treeSeg_dalponte2016.R $*

并使用singularity build ga_container.sif ga_container.def构建容器

容器构建没有错误，但是使用./ga_container <arguments>运行容器时，总是出现这个错误：

Error: package or namespace load failed for 'rgdal' in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):
 unable to load shared object '/home/ljeasson/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rgdal/libs/rgdal.so':
  libgdal.so.26: cannot open shared object file: No such file or directory
Execution halted

我知道发生错误是因为它找不到 Rgdal 的图像，即使我似乎已附加到 %setup 和 %files 部分中的容器：

%setup
    touch test.R
    touch treeSeg_dalponte2016.R
    touch /home/ljeasson/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rgdal/libs/rgdal.so

%files
    test.R
    treeSeg_dalponte2016.R
    /home/ljeasson/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.6/rgdal/libs/rgdal.so

如果错误来自不正确的文件附件，我如何确保在 Singularity 容器中正确附加 Rgdal（和其他类似库）？

提前致谢

Answer 1

这看起来像是一个环境问题，导致映像查看您本地安装的 R 模块，而不是使用映像中安装的模块。也许在您的.Rprofile 或R_LIBS/R_LIBS_USER 中。尝试使用singularity run --cleanenv ... 运行，或者暂时移动您的.Rprofile（如果有的话），看看是否能解决问题。如果没有，我还有其他一些观察。

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首先，%setup 块在主机操作系统上创建 root 拥有的空文件，如果它们不存在的话。一个空的.so 文件肯定会导致问题。对于大多数情况you don't want to use %setup，因为它在sudo singularity build 期间直接将主机修改为root。

在%files 块中，您将（可能是根拥有/空的）复制到与您的主目录匹配的映像中的路径。你的$HOME is automatically mounted 当你运行/exec/shell 一个图像时，它将隐藏该位置图像中的所有文件。将文件添加到映像时，应始终将它们放在不太可能被挂载破坏的地方。 /opt/myapp 或类似的东西通常效果很好。此外，test.R 和treeSeg_dalponte2016.R 被复制到容器内的/test.R 和/treeSeg_dalponte2016.R，但在%runscript 和%test 中使用了相对路径。 Singularity run/exec 将尝试从容器中存在的第一个路径运行：$PWD（隐式挂载，但这可能会静默失败），然后是$HOME（也隐式挂载并且可以静默失败），然后是/ .您可以使用singularity --verbose run ... 查看是否有任何未正确安装的内容，并将echo $PWD 添加到%runscript 以查看它的运行位置。

在%post 中，当您安装rgdal 包时，您使用/opt/conda/... 指定了多个路径，但未在映像中安装或配置conda。我不熟悉rgdal，所以不知道这是否会导致问题。