如何从 R 中运行多命令 Linux shell 脚本？

Question

我正在启动一个缺少所需驱动程序的 linux 虚拟环境，因此我使用 shell 进行安装。我正在手动执行此操作，但想从 R 中自动化它，我的其余代码都在其中。

我可以通过点击 Tools>Shell...在 R 中打开 shell...

然后我要运行多行 Bash 脚本以安装“ODBC Driver 17 for SQL Server”

sudo su 
curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add -
curl https://packages.microsoft.com/config/debian/8/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list

exit
sudo apt-get update
sudo ACCEPT_EULA=Y apt-get install msodbcsql17

我想将这些命令保存在某种可读文件中，然后在 R 中运行。

经过一番搜索，我看到了使用 System 运行单行的帖子，但我无法找到有关是否/如何将其扩展为运行多行或如何从某种方式中提取这些命令的信息保存的文件。

上下文：我是 linux 和 Bash/Shell 命令的新手 谢谢！

Answer 1

您可以使用; 分隔命令并将整个脚本存储为单个字符串。如果您的脚本中有特殊字符（目前没有），则必须非常小心正确使用转义字符。

对于你的 bash 脚本，这样的东西应该可以工作

command="sudo su ; 
curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | apt-key add -; 
curl https://packages.microsoft.com/config/debian/8/prod.list > /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list; 
exit;
sudo apt-get update;
sudo ACCEPT_EULA=Y apt-get install msodbcsql17;"

system(command)

另一种解决方法是将脚本保存为 .sh bash 脚本，然后在 command() 中调用脚本文件名。请注意，要使 bash 脚本可以从命令行执行，您必须在最顶部添加 she-bang 行 (#!/bin/bash)。

Answer 2

其实多行命令就可以了：

command <- "cd
pwd
ls"
system(command)

MS 提供的命令的问题是（不必要的）使用su。您可以重写命令以仅在必要时使用提升的权限：

command="curl https://packages.microsoft.com/keys/microsoft.asc | sudo apt-key add -
curl https://packages.microsoft.com/config/debian/8/prod.list | sudo tee /etc/apt/sources.list.d/mssql-release.list
sudo apt-get update
sudo ACCEPT_EULA=Y apt-get install msodbcsql17"
system(command)

例如heresudo tee。