Snakemake：基于 jsonschema 验证嵌套 yaml

Question

我正在使用snakemake validate 函数，它似乎在很大程度上基于jsonschema，对于简单的示例它工作正常，但是我不确定如何进行更复杂的参数设置。

假设我为多个峰值调用者（例如 macs2 和 genrich）实现了选项。目前我的config.yaml 看起来像这样：

peak_caller:
  - macs2:
      --shift -100 --extsize 200 
  - genrich:
      -y -j

如果没有指定峰值调用者，我希望它使用这些参数默认为 macs2，如果指定了这两个峰值调用者中的一个或两个以外的任何其他参数，我希望它失败。

我用枚举器和数组尝试了不​​同的东西，但我永远无法让它正常工作：

$schema: "http://json-schema.org/draft-06/schema#"

description: snakemake-workflows peak calling configuration

properties:
  # peak caller algorithms
  peak_caller:
    description: which peak caller(s) to use. Currently macs2 (default) and genrich are supported.
    type: array
    default: [macs2]

我最好保留yaml 格式，但我愿意接受以json 编写的配置。

Answer 1

properties:
  peak_caller:
    type: array
    items:
      anyOf:
        - type: object
          properties:
            macs2: {type: string}
          required: [macs2]
          additionalProperties: false
        - type: object
          properties:
            genrich: {type: string}
          required: [genrich]
          additionalProperties: false
     maxItems: 2
     uniqueItems: true
   default:
      - macs2: --shift -100 --extsize 200

但是请注意，此架构不禁止使用不同的参数两次提供 macs2 或 genrich。据我所知，用你当前使用的结构是不可能禁止的。但是，如果项目的顺序不重要，您可以简单地删除数组并使用这样的对象：

peak_caller:
  macs2:
    --shift -100 --extsize 200 
  genrich:
    -y -j

对应架构：

properties:
  peak_caller:
    type: object
    properties:
      macs2: {type: string}
      genrich: {type: string}
    minProperties: 1   # if you want to have at least one
    additionalProperties: false
    default:
      macs2: --shift -100 --extsize 200

默认情况下，JSONSchema 不需要属性值，因此该模式只需定义一个选项即可。