Perl：在多个目录中的多个文件上运行脚本

Question

我有一个 perl 脚本，它读取一个 .txt 和一个 .bam 文件，并创建一个名为 output.txt 的输出。

我有很多文件都在不同的文件夹中，但文件名和目录路径略有不同。

我所有的 txt 文件都位于名为 PointMutation 的不同子文件夹中，完整路径为

/Volumes/Lab/Data/Darwin/Patient/[Plate 1/P1H10]/PointMutation

括号中的文本是更改的部分，但 Patient 子文件夹包含我所有的 txt 文件。

我的 .bam 文件位于名为 DNA 的子文件夹中，完整路径为

/Volumes/Lab/Data/Darwin/Patient/[Plate 1/P1H10]/SequencingData/DNA

目前我如何在终端上运行这个脚本

cd /Volumes/Lab/Data/Darwin/Patient/[Plate 1/P1H10]/PointMutation
perl ~/Desktop/Scripts/Perl.pl "/Volumes/Lab/Data/Darwin/Patient/[Plate 
1/P1H10]/PointMutation/txtfile.txt" "/Volumes/Lab/Data/Darwin/Patient/[Plate 
1/P1H10]/SequencingData/DNA/bamfile.bam"

只有一两个文件，这相当容易，但一旦文件变得更大，我想自动化它。同样，一旦我运行了一次，我就不想再这样做了，但是我会从同一位患者那里获得更多信息，有没有办法阻止读取文件夹？

Answer 1

我会这样做：

for my $dir (glob "/Volumes/Lab/Data/Darwin/Patient/*/"){
    # skip if not a directory
    if (! -d $dir) {
        next;
    }
    my $txt = "$dir/PointMutation/txtfile.txt";
    my $bam = "$dir/SequencingData/DNA/bamfile.bam";

    # ... you magical stuff here
}

这是假设/Volumes/Lab/Data/Darwin/Patient/下的所有目录都遵循约定。

也就是说，使用大量不同文件组织分析的更长期/稳健的方法是 1）将每个分析所需的所有文件组织在一个目录下，或 2）创建元文件（我会使用 JSON/yaml)，其中包含必要的文件名。