【发布时间】：2016-11-22 22:47:32
【问题描述】：
我有一个 fortran 代码，用于计算与我所做的工作相关的一些数量。代码本身涉及多个嵌套循环，并且需要很少的磁盘 I/O。每当修改代码时，我都会针对一组几个输入文件运行它（只是为了确保它正常工作）。
长话短说，最近的更新将程序的运行时间增加了大约四倍，而用一个 CPU 串行运行每个输入文件大约需要 45 分钟（等待的时间很长，只是看看有没有坏掉的东西）。因此，我想在系统上的 4 个 CPU 上并行运行每个输入文件。我一直在尝试通过 bash 脚本实现并行性。
我注意到的有趣的事情是，当机器上只有一个程序实例正在运行时，它需要大约三分半钟才能完成一个输入文件。当程序的四个实例正在运行时，通过一个输入文件需要大约 11 分钟半的时间（使我的总运行时间从大约 45 分钟减少到 36 分钟 - 是的，这是一个改进，但不是我所拥有的希望）。
我尝试过使用 gnu parallel、xargs、wait 甚至只是从命令行在后台启动程序的四个实例来实现并行性。无论实例是如何启动的，我都看到同样的速度变慢。因此，我很确定这不是 shell 脚本的产物，而是程序本身发生的事情。
我尝试在关闭调试符号的情况下重建程序，并使用静态链接。这些都没有任何明显的影响。我目前正在使用以下选项构建程序：
$ gfortran -Wall -g -O3 -fbacktrace -ffpe-trap=invalid,zero,overflow,underflow,denormal -fbounds-check -finit-real=nan -finit-integer=nan -o [程序名] {来源}
任何帮助或指导将不胜感激！
【问题讨论】：
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您确定您使用的是 GNU Parallel Shell 吗？如果不是，请检查标签的描述并仅使用适用的那些。另外，bash 标签真的相关吗？可能需要一些代码。
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是的，我尝试使用 GNU 并行作为解决方案。我也尝试过使用 xargs，等待，然后简单地在后台启动多个实例。
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你有四个硬件核心吗？您的程序内存带宽重吗？请提供有关您的硬件和示例程序的更具体信息。
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您的程序可能不受 CPU 限制，但受内存带宽限制或可能依赖某些共享资源，即 NFS 可能正在序列化文件访问。你有什么样的 CPU？
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CPU 是 Intel i5-6500，四核 @ 3.2 GHz。我只是在单个 CPU 上运行，所以 NFS 不应该干扰。内存带宽是有意义的，这可能是瓶颈所在。
标签： bash parallel-processing fortran gfortran gnu-parallel