【发布时间】:2013-08-06 00:53:40
【问题描述】:
我已经看过很多这样的帖子,尽管阅读了很多内容,但我似乎无法在 OpenMP 中正确并行化以下代码,因为串行版本目前的运行速度比这快得多:
static double red_black_parallel_for_step(simulation* simObj, double stepSize, double* red, double* black){
double tmp = 0.0;
double avg = 0.0;
double old = 0.0;
double max = -HUGE_VAL;
#pragma omp parallel \
shared(black, red, max) \
firstprivate(old, avg, tmp)
{
double priv_max = -HUGE_VAL;
#pragma omp for
for(unsigned int j = 0; j < (*simObj).NY+2; j++){
for(unsigned int i = 0; i < (int)floor((double)((*simObj).NX+2.0)/2.0); i++){
for(unsigned int k = 1; k < (*simObj).NZ; k++){
if(red[IX3] == HUGE_VAL) continue;
old = red[IX3];
avg = 0.0;
const int x1 = ( black[IX3+IX3_XR1STEP] != HUGE_VAL );
const int x2 = ( black[IX3+IX3_XR2STEP] != HUGE_VAL );
const int y1 = ( black[IX3+IX3_YSTEP] != HUGE_VAL );
const int y2 = ( black[IX3-IX3_YSTEP] != HUGE_VAL );
const int z1 = ( black[IX3+IX3_ZSTEP] != HUGE_VAL );
const int z2 = ( black[IX3-IX3_ZSTEP] != HUGE_VAL );
if (x1) avg += black[IX3+IX3_XR1STEP];
if (x2) avg += black[IX3+IX3_XR2STEP];
if (y1) avg += black[IX3+IX3_YSTEP];
if (y2) avg += black[IX3-IX3_YSTEP];
if (z1) avg += black[IX3+IX3_ZSTEP];
if (z2) avg += black[IX3-IX3_ZSTEP];
avg /= (double) (x1+x2+y1+y2+z1+z2);
red[IX3] = old + stepSize * (avg - old);
tmp = fabs(old - red[IX3]) / fabs(old);
if( tmp > priv_max ) priv_max = tmp;
}
}
}
#pragma omp flush (max)
if ( priv_max > max ) {
#pragma omp critical
{
if ( priv_max > max ) max = priv_max;
}
}
}
#pragma omp parallel \
shared(black, red, max) \
firstprivate(old, avg, tmp)
{
double priv_max = -HUGE_VAL;
#pragma omp for
for(unsigned int j = 0; j < (*simObj).NY+2; j++){
for(unsigned int i = 0; i < (int)floor((double)((*simObj).NX+2)/2.0); i++){
for (unsigned int k = 1; k < (*simObj).NZ; k++ ){
if ( black[IX3] == HUGE_VAL ) continue;
old = black[IX3];
avg = 0.0;
const int x1 = ( red[IX3+IX3_XB1STEP] != HUGE_VAL );
const int x2 = ( red[IX3+IX3_XB2STEP] != HUGE_VAL );
const int y1 = ( red[IX3+IX3_YSTEP] != HUGE_VAL );
const int y2 = ( red[IX3-IX3_YSTEP] != HUGE_VAL );
const int z1 = ( red[IX3+IX3_ZSTEP] != HUGE_VAL );
const int z2 = ( red[IX3-IX3_ZSTEP] != HUGE_VAL );
if (x1) avg += red[IX3+IX3_XB1STEP];
if (x2) avg += red[IX3+IX3_XB2STEP];
if (y1) avg += red[IX3+IX3_YSTEP];
if (y2) avg += red[IX3-IX3_YSTEP];
if (z1) avg += red[IX3+IX3_ZSTEP];
if (z2) avg += red[IX3-IX3_ZSTEP];
avg /= (double) (x1+x2+y1+y2+z1+z2);
black[IX3] = old + stepSize * (avg - old);
tmp = fabs(old - black[IX3]) / fabs(old);
if( tmp > priv_max ) priv_max = tmp;
}
}
}
#pragma omp flush (max)
if ( priv_max > max ) {
#pragma omp critical
{
if ( priv_max > max ) max = priv_max;
}
}
}
return max;
}
复杂的因素是我需要跟踪红/黑迭代之间的最大相对变化(最大值)。任何帮助将非常感激。
【问题讨论】:
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如果不阅读您的代码,您的 prolly 遇到的问题是,在多处理器上工作时,您必须将数据复制到不同的地方,很多时候这将超过并行化的收益
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我会为所有迭代分别保存
priv_max的值,然后在最后找到这些值的最大值。如果您有如此多的迭代,您仍然需要/想要并行执行此操作,您需要通过几个步骤来完成 - 例如,将priv_max值的数组分解为 N 个片段。并行找到每个部分的最大值,然后依次找到 N 个中的最大值。对于N,您可能需要致电omp_get_max_threads()。 -
谢谢@JerryCoffin。如您所见,每个线程都有自己的 priv_max 版本,并且在最后一个(外部)循环之后,这些线程被协调以选择最大的,max 被分配给它。只需 7 次调用此函数,并行版本大约需要 45 秒,串行运行需要 17 秒。循环迭代的总数约为 10^7。我不认为为协调不同的 priv_max 添加的位可以解释这一点。
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@Ryan:抱歉——没有像我应该的那样仔细阅读代码。再看一遍,我能给出的唯一建议是发布sscce 以允许对代码进行试验。
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@JerryCoffin:好的,我可以在 sscce 上工作。同时,我想知道 continue 语句是否会给 OpenMP 带来问题?