为什么 cat 命令在脚本中不起作用

Question

我有以下脚本，但它有一个错误。我正在尝试将所有文​​件合并为一个大文件。从命令行 cat commant 工作正常，内容被打印到重定向文件。从脚本它有时可以工作，但其他时间不行。我不知道为什么它的行为异常。请帮忙。

#!/bin/bash

### For loop starts ###

for D in `find . -type d`
do

        combo=`find $D -maxdepth 1 -type f -name "combo.txt"`
        cat $combo >> bigcombo.tsv

done

这是bash -x app.sh的输出

++ find . -type d
+ for D in '`find . -type d`'
++ find . -maxdepth 1 -type f -name combo.txt
+ combo=
+ cat
^C

更新： 以下对我有用。路径有问题。我仍然不知道是什么问题，所以欢迎回答。

#!/bin/bash

### For loop starts ###
rm -rf bigcombo.tsv

for D in `find . -type d`
do

                psi=`find $D -maxdepth 1 -type f -name "*.psi_filtered"`
                # This will give us only the directory path from find result i.e. removing filename.
                directory=$(dirname "${psi}")
                cat $directory"/selectedcombo.txt" >> bigcombo.tsv


done

Answer 1

明显的问题是您试图cat 一个不存在的文件。

次要问题与效率和正确性有关。最好避免运行两个嵌套循环，尽管在这里将动作分成两个步骤只是不雅；内部循环最多只会执行一次。将命令结果捕获到变量中是常见的初学者反模式；通常可以避免只使用一次的变量，并避免在 shell 的内存中乱扔垃圾（巧合的是，它解决了缺少引用的多个问题 - 包含文件或目录名称的变量基本上应该总是用双引号插入）。重定向最好在任何包含循环之外执行；

rm file
while something; do
    another thing >>file
done

将在循环运行时多次打开、查找文件末尾、写入和关闭文件，而

while something; do
    another thing
done >file

只执行一次打开、查找和关闭操作，避免在开始循环之前必须清除文件。尽管您的脚本可以重构为根本没有任何循环；

find ./*/ -type f -name "*.psi_filtered" -execdir cat selectedcombo.txt \;> bigcombo.tsv

根据您的问题，存在包含combo.txt 但不包含任何*.psi_filtered 文件的目录可能是错误的。也许你想locate and examine these directories.