Biopython blastn 命令在脚本中不起作用，但在命令行中起作用

Question

所以我正在编写一个脚本来运行一个爆炸查询，此时我硬编码了变量（只是为了确保它们没有被弄乱）。即：

blastCLine = NcbiblastnCommandline(query="temp.fasta", db="refseq_rna", outfmt=5, out="test.txt", evalue=0.05)
stdt, stdr = blastCLine()
print stdt
print stdr

我什么也没得到，输出文件是空白的，没有错误或任何东西。如果我在命令行上使用来自 blastCLine 的 blast 命令，它就可以工作。 如果我在 python 环境中使用上面的代码，它可以工作。只是不能在我的脚本中工作。

我一直在谷歌上搜索并查看大量示例。据我所知，它应该可以工作。我尝试将其更改为 blastx，并且使用 cmd="blastn" 也无济于事。 有什么建议吗？

Answer 1

在这一行中，您正在生成带有参数的 BLAST 命令。如果你打印blastCLine，你会看到BLAST命令：

>>> blastCLine = NcbiblastnCommandline(query="temp.fasta", db="refseq_rna", outfmt=5, out="test.txt", evalue=0.05)
>>> print blastCLine
blastn -out test.txt -outfmt 5 -query /home/mamun/temp.fasta -db refseq_rna -evalue 0.05

现在，使用stdt, stdr = blastCLine()，您正在从 python 执行命令。这里会发生什么，你会得到一个新的输出，它会覆盖 test.txt 文件中的现有内容。您可以通过删除现有的 test.txt 文件并从 python shell 再次运行上述两个命令来检查这一点。由于命令成功运行并且它不会生成任何输出或错误，因此在命令成功运行后 stdout 和 stderr 都会得到空字符串。希望，解释有助于理解这里发生了什么。如果它甚至不起作用，请尝试使用 os.system 执行它：

>>> import os
>>> os.system(str(blastCLine))