r-base 和 r-recommended 软件包之间的区别答案

【问题标题】：Difference between r-base and r-recommended packagesr-base 和 r-recommended 软件包之间的区别
【发布时间】：2012-03-14 11:12:14
【问题描述】：

谁能告诉我基本包和推荐包有什么区别。

如果有提到基础包和推荐包的链接，请提供链接。

【问题讨论】：

标签： r packages built-in

【解决方案1】：

差异实际上来自 R Core 和 R 代码的组织方式，例如在上游 SVN 存储库中。

在src/library/ 中，您拥有所有“基本”包：

基础
编译器
数据集
图形
grDevices
网格
方法
并行
样条线
统计数据
统计数据4
tcltk
工具
翻译
实用程序。

而且这些都不在 CRAN 上——它们只作为“base R”的一部分存在。

您有一个目录src/library/Recommended，默认情况下它是空的，但可以使用帮助脚本 (tools/rsync-recommended) 来填充CRAN 推荐包列表 （版本化）目录。对于 R 版本 3.3.3，它是 CRAN/src/contrib/3.3.3/Recommended/（CRAN 部分是您的默认镜像）。它包含

KernSmooth
质量
矩阵
开机
类
集群
代码工具
外国
格子
mgcv
nlme
网络
rpart
空间
生存

编辑 2016-09-06： 将 utils 添加到第一组。

【讨论】：

在这个组织中隐含的是，基础包仅随 R 版本更新；基础包的版本和 R 的版本之间存在一对一的关系。推荐的包，因为它们托管在 CRAN 上，可以在 R 版本之间更新。
正确。而且因为 CRAN 上的推荐包可能会“提前”给定 R 版本，所以我提到的 rsync 脚本与 为此 R 版本选择的一组给定推荐包同步，以尽量减少来自的任何意外，比如，较旧的 R 和较新的 CRAN。

【解决方案2】：

我想从稍微不同的角度来回答，用函数而不是链接来回答。如果 Priority 为“base”，则该包已安装并加载，因此在打开 R 时其所有功能都可用。如果 Priority 为“recommended”，则该包已安装 base R，但未加载。在使用此包中的命令之前，用户必须使用库命令加载它，例如库（引导）。

至于链接，带有优先级过滤器的installed.packages() 应该列出所有已安装和加载（基本）或刚刚安装（推荐）的包，因此您实际上不需要任何链接。

x <- installed.packages()
x[ !is.na(x[ ,"Priority"]), c("Package", "Priority") ]

对于所有其他软件包，请参阅available.packages()。请参阅此链接以获取details。

【讨论】：

并非所有基础包都已加载。打开一个新的 R 会话，运行 sessionInfo()，我们会看到只附加了 stats graphics grDevices utils datasets methods base 包。
另外，details 的网络链接已损坏。

【解决方案3】：

我猜你说的是在 Linux 上安装 R。

这记录在（例如）Debian 的安装说明中。你可以在http://cran.csiro.au/bin/linux/debian/找到这个

引自本页：

The r-recommended set of packages are:

   r-cran-boot
   r-cran-cluster
   r-cran-class
   r-cran-codetools
   r-cran-foreign
   r-cran-kernsmooth
   r-cran-lattice
   r-cran-mass
   r-cran-matrix
   r-cran-mgcv
   r-cran-nlme
   r-cran-nnet
   r-cran-rmatrix
   r-cran-rpart
   r-cran-spatial
   r-cran-survival

【讨论】：

这是我们使用的 Debian 名称映射。我的答案有实际名称。

【解决方案4】：

这个 R 命令返回所有基础包的名称：

names(which(installed.packages()[ ,"Priority"] == "base", ))
# [1] "base"      "compiler"  "datasets"  "graphics"  "grDevices" "grid"     
# [7] "methods"   "parallel"  "splines"   "stats"     "stats4"    "tcltk"    
# [13] "tools"     "utils"

这个 R 命令返回所有推荐包的名称：

names(which(available.packages(repos = c(CRAN = "https://cran.r-project.org"))[ ,"Priority"] == "recommended", ))
# [1] "boot"       "class"      "cluster"    "codetools"  "foreign"   
# [6] "KernSmooth" "lattice"    "MASS"       "Matrix"     "mgcv"      
# [11] "nlme"       "nnet"       "rpart"      "spatial"    "survival"

【讨论】：