RStudio 和命令行 R 之间的 R .libPaths() 区别

Question

当我从命令行运行 R 时：

> library(ggplot2)
...
> path.package('ggplot2')
[1] "/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13/ggplot2"
> .libPaths()
[1] "/home/yang/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13"
[2] "/usr/local/lib/R/site-library"                
[3] "/usr/lib/R/site-library"                      
[4] "/usr/lib/R/library"                           
> Sys.getenv('R_LIBS_USER')
[1] "~/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.13"

（注意：当我从 shell 中检查时，该环境变量实际上并不存在。）

但是从在同一个盒子上运行的 RStudio Server，并且在以同一个用户身份登录后：

> path.package('ggplot2')
[1] "/home/yang/R/library/ggplot2"
> .libPaths()
[1] "/home/yang/R/library"              "/usr/local/lib/R/site-library"    
[3] "/usr/lib/R/site-library"           "/usr/lib/R/library"               
[5] "/usr/lib/rstudio-server/R/library"
> Sys.getenv('R_LIBS_USER')
[1] "/home/yang/R/library"

你能解释一下为什么默认情况下这些是不同的吗？这是 RStudio 定制吗？ （为什么？）提前致谢。

Answer 1

来源直接回答：

http://support.rstudio.org/help/discussions/questions/204-r-libpaths-difference-between-rstudio-and-command-line-r

你好，

是的，我们有一个自定义 R_LIBS_USER 设置，旨在使其 更容易将服务器升级到新版本的 R，而无需 每个用户重命名他们的库目录和/或重新构建他们的 包。这样管理员就可以进行升级而不必担心 他们会破坏用户的工作环境（意识到这 也可以通过编写升级脚本来完成 每个用户都需要重命名/重建）。

完全同意这并不一定在所有情况下都是可取的。这里 是你可以做些什么来解决它：

Rtudio 服务器 R_LIBS_USER 由以下设置控制 在 /etc/rstudio/rsession.conf 中：

r-libs-user=~/R/library

此变量支持与 R_LIBS_USER 相同的通配符（如 这里描述： http://stat.ethz.ch/R-manual/R-patched/library/base/html/libPaths.html) 因此您可以将其更改为以下内容以使 RStudio 表现得恰到好处 像控制台 R：

r-libs-user=~/R/%p-library/%v

(注意我相信这是重现目录的正确语法 显示在上面的输出中，但您肯定要仔细检查 那个）

希望可以解决问题，并且您可以将事情配置为 你想要。让我们知道您是否有其他问题，或者如果没有 按照描述工作。

J.J.

Answer 2

一个快速的谷歌搜索让我来到这里：

http://support.rstudio.org/help/discussions/problems/868-how-to-configure-libpaths

所以看起来 RStudio 使用自己的库，在 /etc/rstudio/rsession.conf 中设置。为什么？谁知道呢。