【问题标题】:What is the output format of a Maxent model run in Biomod2 (raw, cumulative, logistic or cloglog) and can it be specified by the user?在 Biomod2 中运行的 Maxent 模型的输出格式是什么(原始、累积、逻辑或阻塞日志),用户可以指定吗?
【发布时间】:2018-12-22 04:22:09
【问题描述】:

我正在使用包 biomod2 构建物种分布模型/栖息地适宜性模型。

当直接使用 Java 应用程序时,Maxent 允许用户选择四种输出格式之一(见标题)。但是,当 biomod2 包(例如 BIOMOD_Modeling)中的函数调用 Maxent 时,似乎没有指定输出格式的选项。也没有任何迹象表明选择了哪一个。我认为 cloglog 是默认设置,所以很可能是这样,但我想确定一下。

本教程有一些图像显示了一些输出之间的差异:https://biodiversityinformatics.amnh.org/open_source/maxent/Maxent_tutorial2017.pdf

感谢您的帮助!

【问题讨论】:

  • 您是否运行了一个练习模型来查看输出是什么?我读这个问题的方式,听起来你没有先尝试任何事情。这有助于了解您尝试过什么,特别是您得到了什么以及正在处理什么。
  • 谢谢,@shea。我不确定您所说的“实践模型”是什么意思。我已经将 Maxent 模型与 Random Forest 模型一起运行,结果(即栅格)看起来非常相似,所以我假设这两个模型都在工作。但是,无法判断哪些可能的 Maxent 输出正在用于生成栅格。我不确定 a)使用 biomod2 时的默认输出是什么,也不确定 b)如果我想选择其中一个输出,如何更改该设置
  • 不客气。我所说的练习的意思是,在你提出问题之前,你有没有自己尝试过任何事情?你没有包含任何代码,所以听起来这个问题是理论上的。所以我想知道你有没有做过任何尝试,即使这些尝试只是基于一些虚拟或练习数据。

标签: r maxent


【解决方案1】:

我给开发人员发了电子邮件,Damien Georges 告诉我,在 biomod2 中 MAXENT 的输出格式是逻辑的,并且(到目前为止)没有办法改变它

【讨论】:

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