从 R 中的“biomod2”中运行 MaxEnt 时出错答案

【问题标题】：Error running MaxEnt from within 'biomod2' in R从 R 中的“biomod2”中运行 MaxEnt 时出错
【发布时间】：2016-06-13 14:15:25
【问题描述】：

我正在尝试使用 R 中的 biomod2 包来拟合一些物种分布模型。

我已经编译了所有必需的数据，以便biomod2 成功拟合模型，使用除 MaxEnt 之外的所有技术，这会引发错误：

Error in file(file, "rt") : cannot open the connection
In addition: Warning messages:
1: running command 'java -mx512m -jar C:/Users/ajb273/inSync Share/PhD/Data/SDMs R/maxent.jar environmentallayers="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/m_38411293/Back_swd.csv" samplesfile="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/m_38411293/Sp_swd.csv" projectionlayers="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/m_38411293/Predictions/Pred_swd.csv" outputdirectory="Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/Bushcrow_PA1_RUN10_MAXENT_outputs" outputformat=logistic  redoifexists visible=FALSE linear=TRUE quadratic=TRUE product=TRUE threshold=TRUE hinge=TRUE lq2lqptthreshold=80 l2lqthreshold=10 hingethreshold=15 beta_threshold=-1 beta_categorical=-1 beta_lqp=-1 beta_hinge=-1 defaultprevalence=0.5 autorun nowarnings notooltips noaddsamplestobackground' had status 1 
2: In file(file, "rt") :
   cannot open file 'Bushcrow/models/BushcrowFirstModeling/Bushcrow_PA1_RUN10_MAXENT_outputs/Bushcrow_PA1_RUN10_Pred_swd.csv': No such file or directory

我认为这可能是因为 biomod2 无法找到 MaxEnt 或 Java，但我已加载 rJava 包，并尝试在同一 R 会话中运行 dismo 包中的 MaxEnt，并且运行良好。

有人知道会发生什么吗？

谢谢，安德鲁

【问题讨论】：

标签： r rjava maxent

【解决方案1】：

只是为了让感兴趣的用户知道，我终于解决了这个问题。似乎biomod2 中的MaxEnt 至少在某些时候不会接受maxent.jar 文件路径中的空格。我将文件移动到没有空格的其他目录，它现在可以运行了。

【讨论】：