unix for循环修改输出文件名

Question

我在一个文件名以fastq.gz 结尾的目录中工作。使用如下循环，我将运行一个工具。

for i inls; do if [[ "$i" == *".gz" ]]; then bwa aln ../hg38.fa $i > $i | sed 's/fastq.gz/sai/g'; fi; done

我的问题是，我希望我的输出文件名以 .sai 而不是 fastq.gz 结尾，并保持文件名的其余部分相同。然而，当它在> 之后第一次看到$i 时，它会修改输入文件本身。我尝试像<($i | sed 's/fastq.gz/sai/g') 一样使用它，但这也不起作用。写这个的正确方法是什么？

Answer 1

您可以使用字符串替换来计算文件名和扩展名。 此外，您不应依赖 ls 输出，而应直接在您要查找的表达式上循环。

 for file in *.gz; do
   name="${file%.*}"
   file_output="${name}.sai"
   bwa aln ../hg38.fa ${file} > ${file_output}
 done