在bash中的for循环中输出到变量文件名答案

【问题标题】：output to a variable file name in for loop in bash在bash中的for循环中输出到变量文件名
【发布时间】：2016-07-07 15:56:49
【问题描述】：

我正在 for 循环中执行一些任务，并尝试在每次迭代期间将标准输出到变量文件名。但它给了我唯一一个分配了部分文件的文件。

这是我的脚本：

#!/bin/sh
me1_dir="/Users/njayavel/Downloads/Silencer_project/roadmap_analysis/data/h3k4me1_data"
me3_dir="/Users/njayavel/Downloads/Silencer_project/roadmap_analysis/data/h3k4me3_data"
dnase_dir="/Users/njayavel/Downloads/Silencer_project/roadmap_analysis/data/dnase_data"
index=(003 004)
#index=(003 004 005 006 007 008 017 021 022 028 029 032 033 034 046 050 051 055 056 057 059 080 081 082 083 084 085 086 088 089 090 091 092 093 094 097 098 100 109)
#index=(006 007 008 017 021 022 028 029 032 033 034 046 050 051 055 056 057 059 080 081 082 083 084 085 086 088 089 090 091 092 093 094 097 098 100 109)
for i in "${index[@]}"; do     
dnase_file="$dnase_dir/E$i-DNase.hotspot.fdr0.01.broad.bed"
me1_fil="$me1_dir/E$i-H3K4me1.broadPeak"
me3_fil="$me3_dir/E$i-H3K4me3.broadPeak"
awk 'BEGIN { OFS="\t"}; {print $1,$2,$3}' $me1_fil > me1_file.bed
awk 'BEGIN { OFS="\t"}; {print $1,$2,$3}' $me3_fil > me3_file.bed
ctcf_file="CTCFsites_hg19_sorted_bedmerged.bed"
tss_file="TSS_gene_2kbupstrm_0.5kbdownstrm.bed"
cat me1_file.bed me3_file.bed $ctcf_file $tss_file | sort -k1,1 -k2,2n > file2.bed
awk 'BEGIN { OFS="\t"}; {print $1,$2,$3}' $dnase_file | sort -k1,1 -k2,2n > file1.bed
bedtools intersect -v -a file1.bed -b file2.bed > E$i_file.txt;
done

它只给出for循环最后一行的输出文件“E.txt”。我期待 E003_file.txt 和 E004_file.txt。

我是新手，请帮帮我。谢谢

【问题讨论】：

stackoverflow.com/q/17622106/1030675

标签： bash for-loop stdout

【解决方案1】：

当你写作时

E$i_file.txt

shell 正在寻找名为i_file 的变量，因为_ 是变量名称中的有效字符，而不是分隔符。您需要使用大括号来分隔变量名：

bedtools intersect -v -a file1.bed -b file2.bed > "E${i}_file.txt"

【讨论】：