如何创建大距离矩阵？

Question

如何以适当的方式分配一个巨大的距离矩阵以避免“分配是 无法”错误。假设您有 100.000 个点随机分布在一些 空间。如何巧妙地创建一个矩阵或“dist”对象，它表示 DistMatrix 的一半。也许它应该是另一个对象，它将能够有效地分配大量的距离。

您可以从以下链接获取多边形对象： https://www.dropbox.com/sh/65c3rke0gi4d8pb/LAKJWhwm-l

# Load required packages
library(sp)
library(maptools)
library(maps)

# Load the polygonal object
x <- readShapePoly("vg250_gem.shp")

# Sample or Pick up a large Number of Points
# this command needs some minutes to be done. 
# "coord" is SpatialPoints Object
n <- 1e5
coord <- spsample(x, n, "random")
# Try to measure the distances by dist() 

DistMatrix <- dist(coord@coords)
Error: negative length vectors are not allowed

# Try to measure the distances by spDists()
DistMatrix <- spDists(coord)
Error: cannot allocate vector of size (some number) MB

# It seems that the problem lies on large matrix to be created. 

如何在 R 中解决大量“n”的问题。

Answer 1

此时 R 无法分配随机数兆字节的 RAM。此时，您的计算机正在其他地方使用其所有内存，并且没有（一定数量）MBytes 可用于您的进程继续。此时您有几个解决方案。其中，获得更多 RAM 的机器，关闭程序，或者以较小的批次进行距离计算。尝试较小的 n;当它起作用时，只需重复该过程几次，直到您获得整个距离矩阵。