【问题标题】:Line plot using matplotlib for a dataframe of 200 columns使用 matplotlib 绘制 200 列数据框的线图
【发布时间】:2016-02-29 14:27:34
【问题描述】:

我正在努力为我拥有的数据框绘制折线图。数据框由 200 列和大约 4900 行组成。 我的数据框的头部如下所示,

Geneid  pool16.1    pool18.13   pool14.11   pool15.6    pool15.2    pool17.1    pool14.16   pool14.9    pool15.10   ... pool3.13    pool2.3 pool4.7 pool1.16    pool3.14    pool1.14    pool2.14    pool8.7 pool9.15    pool10.11
0   ABL1.exon1  1073    594 901 1164    1117    1681    1516    914 1002    

    ... 1471    1086    1032    1600    1023    1203    1465    546 650 947
    1   ABL1.exon2  974 549 738 1006    1057    1463    1463    783 1334    ... 1288    1095    967 1474    881 1134    1326    595 505 912
    2   ABL1.exon3  701 619 471 748 732 1043    1145    531 935 ... 1031    871 702 1206    771 985 1236    301 301 710
    3   ABL1.exon4  555 225 371 586 559 842 830 402 636 ... 831 621 555 887 575 726 936 359 238 556
    4   ABL1.exon5  1063    524 817 1085    1086    1624    1448    843 1368    ... 1523    1234    1185    1883    1025    1387    1655    732 581 882
    5 rows × 199 columns

所以我想从上面的dataFrame中绘制一个折线图,这里是我尝试的,当使用数据框的一小部分来绘制时,

import pandas as pd
import matplotlib.pyplot as plt
%matplotlib inline
plt.style.use('ggplot')


CDKN2A= All_pools[All_pools.Geneid.str.contains("CDKN2A") == True]

CDKN2A.plot.line(figsize=(15,10),x='Geneid',y='value')

这给出了看起来像这样的情节,

我没有关于 x 轴上第一列的信息,并且绘图没有信息。我的目标是绘制一些看起来像这样的东西,

情节看起来仍然如此糟糕,没有太多信息......任何让它看起来更好的建议都会很棒......

【问题讨论】:

  • 哇!侯,您通过.plot() 电话成功制作出这样的数字吗?好吧,我没有数据,所以我不知道发生了什么,但这对我来说真的很奇怪。无论如何,“任何让它看起来更好的建议”都太宽泛了。我仍然觉得你不喜欢你的数据,所以也许会得到更好的数据?

标签: python pandas matplotlib ggplot2 dataframe


【解决方案1】:

如果您想在 x 轴上查看日期,您需要在数据框中有一列包含日期。

如果要查看多行,则需要绘制多列。

如果您想看到一条实际的、不同的线,您需要绘制更少的行或更多的自相关数据或两者兼而有之。

您已经有关于 x 轴上第一列的信息:列名和一些标记的值,像往常一样。

【讨论】:

  • 那么对于上面的线图,需要一个数据框,第一列中有日期吗?
  • @ user1017373 不,对于在 x 轴上具有日期的绘图,您需要在某个列(或数组或列表或......嗯,某处)中的日期。
  • 没有我的数据框就像我在帖子中展示的那样,我的问题是我想要线图,在那里我可以看到我的每一行与我展示的示例图一样独立(带有日期的图)。
  • @user1017373 我扩展了我的答案,但此时我只是在猜测你想要什么。我开始认为你只是不喜欢你的数据。我不知道该怎么做。
  • 绘制更少的行对我有帮助,但情节仍然看起来很糟糕,而且......而且拥挤......
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