snakemake 使用不同的 shell/conda 环境？

Question

我在 conda 环境中使用 Snakemake。在我的蛇文件的开头，我有一个“日志规则”，它保存了运行信息。其中一个信息是哪些工具是环境的一部分 (conda list >> log.file)。

    rule logRule:
        params:
            runID
        output:
            cfgLocation+runID+"_runParams.txt"
        priority: 1
        shell:
            """
            echo {params} >> {output}
            date >> {output}
            cat Snakefile >> {output}
            echo "-----___----____---____---____-----" >> {output}
            conda list >> {output} 
            """

这可能不是最优雅的方式，但它适用于其他环境。但是，在当前它说它找不到命令“conda”。但是，直接运行 conda list 确实可以正常工作（我也调用 snakemake -p --cores 8 的同一 shell 会话。

在寻找原因的过程中，我还发现ll 命令（别名为ls -l）也找不到。

我认为snakemake使用当前活动的conda env，如果直接运行它可以在env中工作，我什至不知道如何寻找解决方案。

任何建议来自哪里，以及如何解决这个问题，我们将不胜感激。

Answer 1

如果您从另一个选项卡/窗口（例如在 tmux 中）启动 snakemake，则它不会继承环境，并且应该在运行 snakemake 和 source activate 或 conda activate 之前显式激活此环境（视情况而定） )。

也有可能是snakemake和python安装在了环境之外，可以通过which snakemake和which python进行检查。如果它们指向活动环境之外的二进制文件，则可能需要将它们安装在活动环境中。

也许更稳健的方法是通过conda 指令为每个规则显式指定环境（请参阅docs）。请注意，这确实需要您提前指定环境（这可能与您之后的环境不同）。