将 bash 变量传递给 awk 以提取特定位置的字符答案

【问题标题】：pass bash variable to awk in order to extract characters at certain positions将 bash 变量传递给 awk 以提取特定位置的字符
【发布时间】：2013-01-29 14:41:28
【问题描述】：

我正在使用这个命令从字符串的某些位置提取字符：

left=1; right=4; grep ETM21CH01EPU3Z -A1 SLf_454.fna | tail -n 1 | awk '{print substr($0,1,4)}'

并获得正确的输出：

GTTG

现在我想用 bash 变量 left 和 right 中的值替换 1 和 4。

我试过这个：

left=1; right=4; grep ETM21CH01EPU3Z -A1 SLf_454.fna | tail -n 1 | awk -v l=$left r=$right '{print substr($0,l,r)}'

awk：命令。 line:1: 致命：无法打开文件 `{print substr($0,l,r)}' 进行阅读

有什么建议吗？谢谢。

编辑：从下面的评论中复制，以便我们实际阅读：

好吧，我还有一个文件，其中写有要搜索的内容（例如 ETM21CH01EPU3Z）和位置。所以整个代码是：

while read -r line; do
   echo $line;
   name=`echo $line | cut -d' ' -f 1`;
   left=`echo $line | cut -d' ' -f 2`;
   right=`echo $line | cut -d' ' -f 3`;
   grep $name -A1 SLf_454.fna | tail -n 1 | awk -v l=$left -v r=$right '{print substr($0,l,r)}';
done < CL6o_blastoutput_SLf_454.fna_out

【问题讨论】：

标签： bash awk character extract

【解决方案1】：

@dogbane 为您提供了您所要求的具体答案，但您不需要那长长的命令和管道链，只是在找到某种模式后打印该行的前 4 个字符。试试这个：

left=1; right=4; awk -v l="$left" -v r="$right" 'f{print substr($0,l,r);f=0} /ETM21CH01EPU3Z/{f=1}' SLf_454.fna

如果您只使用左右 shell 变量，显然您也不需要左右 shell 变量：

awk -v l="1" -v r="4" 'f{print substr($0,l,r);f=0} /ETM21CH01EPU3Z/{f=1}' SLf_454.fna

编辑：我将您的命令复制到您的原始问题中，以便我们阅读您的脚本。

试试这个（未经测试）：

awk -F, '
NR==FNR { left[$1]=$2; right[$1]=$3; next }
{
   for (name in found) {
      print substr($0,left[name],right[name])
      delete found[name]
   }
   for (name in left) {
      if ($0 ~ name) {
         found[name]
      }
   }
}
' CL6o_blastoutput_SLf_454.fna_out SLf_454.fna

【讨论】：

嗯，我还有一个文件，其中写有要搜索的内容（例如 ETM21CH01EPU3Z）以及在哪些位置。所以整个代码是： while read -r line;回声 $line;名称=`回声 $line |剪切-d''-f 1`;左=`回声 $line |剪切 -d' ' -f 2; right=echo $line |剪切-d''-f 3`; grep $name -A1 SLf_454.fna |尾-n 1 | awk -v l=$left -v r=$right '{print substr($0,l,r)}';完成

【解决方案2】：

您在 right 变量之前缺少一个 -v。您要传递给awk 的每个变量都必须以-v 开头。

改成：

awk -v l=$left -v r=$right '{print substr($0,l,r)}'

【讨论】：