脚本中 MPI 处理的结果答案

【问题标题】：The results of MPI processes in the script脚本中 MPI 处理的结果
【发布时间】：2016-03-09 21:17:10
【问题描述】：

我想编写一个使用 gromacs 程序的 MPI 脚本，并且我希望更改每个任务的输入数据（每个任务的输出将是前一个任务的结果）。我把一段脚本复制结果*.dat 放到了copyfile.sh

    cat <<EOF > copyfile.sh
#!/bin/sh
cp -p result*.dat $SLURM_SUBMIT_DIR
EOF

chmod u+x copyfile.sh
srun -n $SLURM_NNODES -N $SLURM_NNODES cp copyfile.sh $SNIC_TMP

.....
srun -n $SLURM_NNODES -N $SLURM_NNODES copyfile.sh

由于我是新手，收到了很多错误消息，所以我想先确保任务正常运行。

【问题讨论】：

您发布的代码似乎与名为 SLURM 的队列系统有关，而不是与 MPI 本身有关。话虽如此，我并没有完全理解这个问题。您是否可能会问是否可以将不同的 MPI 执行链接到单个 SLURM 作业中，并将一次执行的输出传递给下一次执行？
首先我需要知道那个代码的含义。该脚本是消息传递 (MPI) 示例脚本的一部分。我可以找到过程的输入和输出。现在我需要编写正确的代码并获得正确的输出，而无需关心并行性。

标签： ssh mpi

【解决方案1】：

您发布的代码似乎与 SLURM 作业更相关，根本没有 MPI 代码。

话虽如此，您发布的脚本似乎

cat
#!/bin/sh

cp -p 结果*.dat $SLURM_SUBMIT_DIR

EOF

创建一个 copy_file.sh，它将结果*.dat 文件从本地磁盘复制到 $SLURM_SUBMIT_DIR 目录。

chmod u+x 复制文件.sh

授予 copyfile.sh 执行权限，以便您可以调用此 bash 脚本。

srun -n $SLURM_NNODES -N $SLURM_NNODES cp copyfile.sh $SNIC_TMP

在 SLURM_NNODES 环境变量指向的节点数量上生成一个 cp 命令，以便将 copyfile.sh 复制到 $SNIC_TMP 目录中

.....

任何其他未指定的命令。

srun -n $SLURM_NNODES -N $SLURM_NNODES copyfile.sh

在 SLURM_NNODES 环境变量指向的节点数上生成 copyfile.sh 的执行

所以在执行完所有这些步骤后，您应该得到的是将结果*.dat 文件复制到分配给 SLURM 作业的每个计算节点上的 $SLURM_SUBMIT_DIR 目录中。

【讨论】：

谢谢！我正在尝试为gromacs中的并行性编写一个脚本。我试图理解那段代码。如果需要，我很快会提出一个新问题，但我需要一些时间来提出一个相关问题，因为我是此类员工的新手。