Scipy 错误：numpy.dtype 大小已更改，可能表示二进制不兼容（以及相关的奇怪行为）答案

【问题标题】：Scipy error: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility (and associated strange behavior)Scipy 错误：numpy.dtype 大小已更改，可能表示二进制不兼容（以及相关的奇怪行为）
【发布时间】：2014-11-03 08:04:32
【问题描述】：

我正在 OS X 10.9.4 上安装 numpy/scipy/scikit-learn，并且收到有关“numpy.dtype 大小已更改，可能表示二进制不兼容”的错误。

这是我为构建 repo 所做的：

mkvirtualenv thm
workon thm
pip install numpy scipy pandas ipython # and some other stuff
cd /path/to/our/repo
# run tests

这是一个相关警告的回溯摘录（变成了一个错误，因为我们在测试开始时使用了warnings.simplefilter('error')）：

======================================================================
ERROR: Failure: RuntimeWarning (numpy.dtype size changed, may indicate binary in
compatibility)
----------------------------------------------------------------------
Traceback (most recent call last):
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/loader.py",
 line 414, in loadTestsFromName
    addr.filename, addr.module)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 47, in importFromPath
    return self.importFromDir(dir_path, fqname)
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/nose/importer.py
", line 94, in importFromDir
    mod = load_module(part_fqname, fh, filename, desc)
  File "/Users/ben/code/thm/alpha/prosper/base/stats/test_auc.py", line 3, in <m
odule>
    import sklearn.metrics
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/
__init__.py", line 6, in <module>
    from .metrics import (accuracy_score,
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/sklearn/metrics/metrics.py", line 27, in <module>
    from scipy.spatial.distance import hamming as sp_hamming
  File "/Users/ben/.virtualenvs/thm/lib/python2.7/site-packages/scipy/spatial/__init__.py", line 90, in <module>
    from .ckdtree import *
  File "__init__.pxd", line 155, in init scipy.spatial.ckdtree (scipy/spatial/ckdtree.c:20570)
RuntimeWarning: numpy.dtype size changed, may indicate binary incompatibility

有人告诉我，这个警告是由于 scipy 编译时使用的 numpy 版本与安装的版本不同。但是，我以我认为非常标准的方式使用 pip 安装了它们，所以我认为这应该不是问题。

奇怪的是，虽然作为一个整体运行我们的整个测试套件（通过python -m unittest discover）会出现这些错误，但运行单个测试（通过python -m unittest <module>）可以正常工作。

根据测试，这里有一些相关的版本信息：

numpy version 1.9.0 (rev 07601a64cdfeb1c0247bde1294ad6380413cab66)
scipy version 0.14.0 (built against numpy 1.9.0)
sklearn version 0.15.2
pandas version 0.14.1

很高兴根据要求提供更多信息！

【问题讨论】：

标签： python macos numpy scipy scikit-learn

【解决方案1】：

您是如何构建 sklearn 0.14.1 的？您是否针对与 scipy 相同版本的 numpy 构建它？

最近版本的 scikit-learn、scipy 和 numpy 都有预建包。特别是 scikit-learn 0.15.2 应该与 numpy 1.7+ 二进制兼容。我认为 scipy 0.14.0 也是如此，但你说你是从源代码自己构建的，这不是 pip 默认应该做的（它应该只安装预构建的 whl 包）。

编辑：你有没有尝试过：

pip install -U scipy scikit-learn pandas

确保您为这些软件包使用最新的稳定版 whl？

编辑：下面的评论有有效的实际答案，大概是这个答案被接受的原因。即：

pip uninstall -y scipy scikit-learn
pip install --no-binary scipy scikit-learn

【讨论】：

谢谢！抱歉——该版本的 sklearn 来自我使用我们定制版本的 scikit-learn 的帖子的先前版本。然后我切换到股票 sklearn 并更新了帖子（因为我仍然看到问题），但忘记更新该行。我已经编辑了帖子以匹配。我的 scipy、scikit-learn 和 pandas 现在都是最新版本，你建议的命令什么也没做。
这很奇怪，我运行的设置完全相同，我无法重现您报告的问题。 numpy 1.9.0 应该与以前版本的 ABI 兼容。无论如何，您可以使用：pip uninstall -y scipy scikit-learn && pip install –no-use-wheel scipy scikit-learn 从源代码重新构建 scikit-learn 和 scipy，而不是使用轮子，但它们应该适用于新版本的 numpy。
我刚刚针对numpy==1.9.0 构建了scipy==0.14.0，同时仍在为scikit-learn==0.15.2 使用whl 包，我可以在没有任何警告的情况下运行python -c "from sklearn.metrics import *"。
“我的系统 numpy 是 v1.6.2，所以它可能链接到了不应该链接的地方？”：这很奇怪，scipy 和 scikit-learn 应该针对安装在活动 python 中的 numpy 构建site-packages，不是来自其他 python 解释器的任何系统库。
仅供参考，--no-use-wheel 已弃用，将来将被删除。请改用--no-binary。