Java-R 集成？答案

【问题标题】：Java-R integration?Java-R 集成？
【发布时间】：2011-11-19 02:02:39
【问题描述】：

我有一个需要执行偏最小二乘回归的 Java 应用程序。看起来那里没有 PLSR 的 Java 实现。 Weka 可能在某个时候有类似的东西，但它不再在 API 中。另一方面，我发现了一个很好的 R 实现，它有一个额外的好处。它被我想要复制其结果的人使用，这意味着由于 PLSR 实施方式的不同而出错的可能性较小。

问题是：是否有一个足够好（且易于使用）的包使 Java 能够调用 R、将一些参数传递给函数并读回结果？我的另一个选择是让 Java 在进程中生成 R，然后对其进行监视。数据将被读取并写入磁盘。你会推荐这两个中的哪一个？我错过了明显的第三个选项吗？

【问题讨论】：

看看graalvm.org
@Ashish Kumar - 链接已失效

标签： java r machine-learning regression

【解决方案1】：

我过去曾成功使用过两种替代方法。

JRI

优点：可能性能更好。
缺点：您必须配置一些环境变量和库，在 Win/UNIX 中有所不同。

RServe

优点：易于设置，无需初始化 R 或链接任何 R 库，都可以在不同的机器上运行。
缺点：基于 TCP/IP（服务器正在运行），没有来自 R 的回调。

其他替代品我从未使用过：RCaller

【讨论】：

看看这个：github.com/subes/invesdwin-context-r 它提供了一个简单的 Java API，有多种运行时实现可供选择。因此，您只需编写一次脚本，然后在运行时选择要使用的集成。正如 Guido 所说，每个人都有自己的优点/缺点。

【解决方案2】：

有 Duncan Temple Lang 的作品：http://rss.acs.unt.edu/Rdoc/library/SJava/Docs/RFromJava.pdf。

我猜测最可靠的解决方案是JGR。 JGR 的开发人员有一个邮件列表，Stats-Rosuda，mailing list Archive 表示该列表在 2013 年仍然有效。

There is also code that has been put up at Googlecode，这里有一个例子： http://stdioe.blogspot.com/2011/07/rcaller-20-calling-r-from-java.html

【讨论】：

JGR 是一个 GUI，如果我没记错的话，它在幕后使用了 JRI。
我看到它被 JGR 的开发者描述为一种从 Java 调用 R 的方法

【解决方案3】：

这是一个老问题.. 但是对于任何浏览这里仍然感兴趣的人：我写了一篇博客文章，提供了如何使用 JRI/rjava（基于 JNI 的桥接器）来做这类事情的详细示例（操作方法侧重于 Linux 开发环境）。我还通过调用 R 和类似框架来比较和对比做“数学”事情的替代方法。

网址 > http://buildlackey.com/integrating-r-and-java-with-jrirjava-a-jni-based-bridge/

【讨论】：

【解决方案4】：

Renjin 是一种替代方案，它不仅可以集成许多 R 包，还可以通过对象在 Java 和 R 之间轻松进行通信：

http://www.renjin.org/

【讨论】：

【解决方案5】：

JRI 具有从 Java 调用 R 的低级和高级接口。在http://www.studytrails.com/RJava-Eclipse-Plugin/ 有一个帮助设置R Java 环境的eclipse 插件。

【讨论】：

我遵循了所有步骤，但无法执行最后一个：添加 JRI_DIR。根据一项建议“您实际上不必查看 JRI_DIR，您只需从 [rjava]/jri/ 添加 *.jar-s 就可以了”，但我无法做到。这是什么意思？

【解决方案6】：

这似乎是一个老问题。然而 Rserve 和 rJava 是两个很好的将 R 与 Java 集成的包。以下博客解释了这两个库的用法。

对于 rJava：http://www.codophile.com/how-to-integrate-r-with-java-using-rjava/

预留：http://www.codophile.com/how-to-integrate-r-with-java-using-rserve/

我希望这会有所帮助。

【讨论】：

【解决方案7】：

不久前我也有类似的需求，并测试了一些 R 接口。我发现最适合我需求的接口（windows、c#）是Rserve，我相信它是用 Java 编写的。我唯一的抱怨是它不是 64 位的。我使用了一个用 c# 编写的简单客户端，它运行良好。我确信 Java 客户端要好得多。

【讨论】：

【解决方案8】：

FastR 是基于GraalVM 的 R 实现。将其嵌入 JVM 应用程序非常简单：

Context ctx = Context.newBuilder("R").allowAllAccess(true).build();
ctx.eval("R", "sum").execute(new int[] {1,2,3});

【讨论】：