如何在另一个 R 文件中的 R 文件上调用 source() 时传递命令行参数

Question

在一个 R 文件中，我计划获取另一个支持读取两个命令行参数的 R 文件。这听起来像是一项微不足道的任务，但我在网上找不到解决方案。任何帮助表示赞赏。

Answer 1

我假设源脚本使用commandArgs 访问命令行参数？如果是这样，您可以在父脚本中覆盖 commandArgs 以在您正在采购的脚本中调用它时返回您想要的内容。看看它是如何工作的：

file_to_source.R

print(commandArgs())

main_script.R

commandArgs <- function(...) 1:3
source('file_to_source.R')

输出[1] 1 2 3

如果您的主脚本本身不接受任何命令行参数，您也可以只向该脚本提供参数。

Answer 2

最简单的解决方案是将source() 替换为system() 和paste。试试

arg1 <- 1
arg2 <- 2
system(paste("Rscript file_to_source.R", arg1, arg2))

Answer 3

如果您有一个脚本来源另一个脚本，您可以在第一个脚本中定义可供来源脚本使用的变量。

> tmpfile <- tempfile()
> cat("print(a)", file=tmpfile)
> a <- 5
> source(tmpfile)
[1] 5

Answer 4

@Matthew Plourde 答案的扩展版本。我通常做的是有一个 if 语句来检查命令行参数是否已经定义，否则读取它们。

此外，我尝试使用 argparse 库来读取命令行参数，因为它提供了更简洁的语法和更好的文档。

要获取的文件

 if (!exists("args")) {
         suppressPackageStartupMessages(library("argparse"))
         parser <- ArgumentParser()
         parser$add_argument("-a", "--arg1", type="character", defalt="a",
               help="First parameter [default %(defult)s]")
         parser$add_argument("-b", "--arg2", type="character", defalt="b",
               help="Second parameter [default %(defult)s]")
         args <- parser$parse_args()
 }

 print (args)

文件调用 source()

args$arg1 = "c" 
args$arg2 = "d"
source ("file_to_be_sourced.R")

c, d

Answer 5

这行得通：

# source another script with arguments
source_with_args <- function(file, ...){
  commandArgs <<- function(trailingOnly){
    list(...)
  }
  source(file)
}

source_with_args("sourcefile.R", "first_argument", "second_argument")

请注意，必须使用 <<- 而不是 <- 重新定义内置的 commandArgs 函数。 据我了解，这使得它的范围超出了定义它的函数source_with_args()。

Answer 6

我在这里测试了一些替代方案，我最终得到了这个：

文件调用源：

source_with_args <- function(file, ...){
  system(paste("Rscript", file, ...))
}
source_with_args(
  script_file,
  paste0("--data=", data_processed_file),
  paste0("--output=", output_file)
)

文件来源：

  library(optparse)
  option_list = list(
    make_option(
      c("--data"),
      type="character",
      default=NULL,
      help="input file",
      metavar="filename"
    ),
    make_option(
      c("--output"),
      type="character",
      default=NULL,
      help="output file [default= %default]",
      metavar="filename"
    )
  )
  opt_parser = OptionParser(option_list=option_list)
  data_processed_file <- opt$data
  oputput_file <- opt$output
  if(is.null(data_processed_file) || is.null(oputput_file)){
    stop("Required information is missing")
  }