如何在 R 中使用参数调用 OS 命令（shell 文件）

Question

我喜欢在 R 代码中调用 OS 命令（在 linux 中运行 shell 文件）并将我在 R 代码中得到的参数一起发送。例如，MyRcode.R 会做一些计算并得到一个向量输出。然后，MyRcode.R 将使用 for 循环来运行一个 shell 文件并发送向量中的每个元素。这是一个简单的代码示例。

[MyRcode.R]

############################################
### Some calculation to get myVector  ######
                   .
                   .
############################################

print(myVector)  # [1]  3  5   7
for (argument in myVector) {
    system("./Shell_RunCalculations.sh argument")
}

[Shell_RunCalculations.sh]

#!/bin/bash

module load R/3.5.1-gcc5.2.0

echo "argument: " $1 

Rscript --vanilla RunCalculation.R $1

[运行计算.R]

### This is very complex calculation which should run in Supercomputer.

首先，在shell文件中，我希望打印出来

argument: 3
argument: 5
argument: 7

但是打印出来了

argument: argument
argument: argument
argument: argument

我认为我在 R 代码的“系统”函数中做错了。 如何同时调用 OS 命令和发送参数？

我之所以测试这个是因为我想在 MyRcode.R 中获取 myVector，并提交 slurm 作业并将 myVector 元素作为参数发送。 slurm 作业将使用接收到的参数在超级计算机集群（并行运行）中运行另一个 R 代码。

谢谢，

Answer 1

你可以使用

• system2() 或
• system() 结合paste()

从 R 中执行 shell 命令。在以下示例中，shell 命令 echo 从 R 中调用，并带有一个字符串参数。

arg <- "I am an R argument."
system2("echo", arg)
I am an R argument.

或

system(paste("echo", arg))
I am an R argument.