了解 glmer 算法；帮助使用 R 进行调试答案

【问题标题】：Understanding glmer algorithm; help with debugging using R了解 glmer 算法；帮助使用 R 进行调试
【发布时间】：2019-10-31 14:40:06
【问题描述】：

我正在尝试在 Haskell 中复制 lme4 的一些子集。我已经或多或少地管理了lmer 部分，其结果与 Bates (2009)“lme4 中的线性混合模型实现”论文中的示例相匹配。所以现在我进入了广义的位。稍微让人放心的一件事是，我可以使用高斯族和恒等链接函数在 lmer 示例上运行我的 glmer 等效项。所以事情并没有大错特错。但是当我尝试匹配 cbpp 示例时，即使是我尝试匹配的非常简化的版本

example <- glmer(incidence/size ~ 1 + (1 | herd), data = cbpp,
                 family = binomial(), weights = size)

事情不正常。我的意思是我的 Haskell 版本 (https://github.com/adamConnerSax/glm-haskell/blob/GLMMs/test/glm/GLMM-test.hs) 不会收敛到相同的答案。

有两件事会很有帮助：

对于 glmer 算法，有没有比 Bates 的各种论文（2007、2009、2018）更好的参考？这些都在 LMM 部分有很多细节，但在 GLMM 位上却少得多。
假设我运行了上面的代码，结果为example。在 lme4 中，有没有办法在给定的beta 和u 处获取各种偏差函数的值而不是解决方案？我可以只运行迭代重加权最小二乘法以获得固定值theta，而不是运行整个优化循环吗？ R 和我的 Haskell 代码之间的比较点越多，我就越容易看出哪里出错了。

【问题讨论】：

我对其进行了编辑以显着缩小其范围。抱歉太宽泛了！可以不举行吗？谢谢！
"Things don't work" 作为对您的问题的描述几乎毫无用处——而且不一定正确，因为您的示例可以被复制并且运行良好。如果您可以提供您所面临问题的可重现示例，这很可能适合Stack Overflow。
好的！又试了一次。我在这个论坛上提问是因为我认为了解 glmer 工作原理的人最有可能提供帮助。但是你想让我缩小问题的范围。最重要的部分是 R 调试，我可以看到剩下的内容可能更适合 stackoverflow。我知道“事情不起作用”并不是特别有用。我现在链接到我的非工作 Haskell 代码，以防有人想重现我的问题。但我希望得到更多关于算法的信息以及一些关于如何在 R 中获得中间结果以进行调试的提示。

标签： r

【解决方案1】：

你可以通过lme4 包on r-forge 获得关于GLMMs 详细理论和实现的未完成的草稿（大多数lme4 开发已经从r-forge 转移到了GitHub，但是这篇论文的草稿还在在这里）
你完全可以单独获得偏差函数。最简单的方法可能是采用拟合模型并运行update(fitted_model, devFunOnly=TRUE)（或者您可以采用相同的参数集并首先添加devFunOnly=TRUE）。关于第一次（nAGQ=0）或第二次（nAGQ>0）是否正在运行，有一些潜在的棘手问题；见?modular。

但是，这个偏差函数可能不是您想要的，因为它需要 beta 和 theta -- 但不是 u -- 作为输入。在偏差函数中，pwrssUpdate 函数运行 PIRLS 算法。但这至少会让你更接近……你可以看看源代码，或者如果你存储了一个偏差函数devfun，你可以看看environment(devfun)$pwrssUpdate

【讨论】：

谢谢！！该 pdf 将非常有帮助，更直接的方式可以看到 devFun 的价值。我看了一堆代码，但我不懂 R，而且 C++ 有时很难理解。我想我发现了第一次/第二次通过的东西，但我不知道那是什么。任何 theta 的第一次迭代是否使用不同的积分近似值完成？