从蛋白质序列数据库中检索 DNA 序列？

Question

我在 FASTA 中有 1000 多个蛋白质序列及其登录号。我想返回全基因组鸟枪法数据库，检索所有编码与我的初始序列列表中的一个相同的蛋白质的 DNA 序列。

我尝试运行一个 tBlastn，每个序列的结果

这可以通过从命令行运行 blast 和批处理脚本来完成吗？

Answer 1

您应该至少得到一个结果：编码原始蛋白质的结果。如果我跟着你，其他的，如果有的话，将是假基因。

无论如何，一些编程可能会有所帮助，请查看Biopython。 Bioperl 或 Bioruby 应该具有类似的功能。 特别是你可以BLAST using Biopython

Answer 2

您可能会发现此链接很有用：

https://www.biostars.org/p/5403/

那里有人问过类似的问题，并且已经发布了一些合理的解决方案。