基因蛋白质序列数据库[关闭]

【问题标题】：Gene Protein Sequence Database [closed]基因蛋白质序列数据库[关闭]
【发布时间】：2021-02-16 10:10:34
【问题描述】：

我想知道是否有办法从 NCBI 下载或检索所有基因的蛋白质序列。我有很多 GeneID，我想迭代并检索它们的蛋白质序列。

是否有我用于此的软件包或链接到来自 NCBI 的基因的蛋白质序列？

【问题讨论】：

标签： python bioinformatics biopython ncbi

【解决方案1】：

如果我理解正确，您可以直接从 NCBI 网站下载数据。搜索“基因的蛋白质序列”会返回 45260 条记录，可以通过单击send to（右上角）下载并保存为文件。检查here。下载后，您可以简单地从文件中加载数据。

如果您询问以编程方式下载数据，您可以使用this FTP，下载最新数据，解压并找到您要查找的内容，按 GeneID 过滤。这些文件中的大多数每天都会更新。您可以阅读更多here 并根据此选择包含您需要的数据的文件。就我而言，您需要 gene2accession.gz 或 gene2refseq.gz

【讨论】：