igraph：添加顶点 = X 创建大小 = 1 的集群

Question

我目前正在解决一些图论问题，并且有一个问题我似乎无法找到答案。创建图表时使用：

x <- graph_from_data_frame(el, directed = F, vertices = x)

vertices = x 的添加创建了 size = 1 的组件。

我想查看集群大小，即提取组件并查看大小表：

comp <- components(x)
table(comp$csize)

鉴于边缘列表的性质，我希望没有集群的大小 没有顶点 = x，我的表将从大小 = 2 的簇开始。

为什么添加 vertices = x 会这样做？

谢谢

编辑：

我的边缘列表有变量：

ID   ID.2  soure 
x1   x2    healthcare
x1   x3    child benefit 

顶点数据框包含节点（ID）的一般信息

 ID   date_of_birth   nationality   

 x1     02/09/1999      French 
 x2     12/12/1997      French 
 x3     22/01/2002      French 

Answer 1

我怀疑正在发生的事情是您的节点元数据x 的 data.frame 中出现了 ID，这些 ID 没有出现在边缘列表中。 Igraph 会将这些节点添加为孤立的顶点。下面的一些示例代码来说明问题：

library(igraph)

# generate some fake data
set.seed(42)
e1 <- data.frame(ID = sample(1:10, 5), ID.2 = sample(1:10, 5))
head(e1)
#>   ID ID.2
#> 1 10    6
#> 2  9    7
#> 3  3    2
#> 4  6    5
#> 5  4    9

# make the desired graph object
x <- graph_from_data_frame(e1, directed = F)

# make some attribute data that only matches the nodes that have edges
v_atts1 <- data.frame(ID = names(V(x)), foo = rnorm(length(names(V(x)))))
v_atts1
#>   ID         foo
#> 1 10 -0.10612452
#> 2  9  1.51152200
#> 3  3 -0.09465904
#> 4  6  2.01842371
#> 5  4 -0.06271410
#> 6  7  1.30486965
#> 7  2  2.28664539
#> 8  5 -1.38886070

g1 <- graph_from_data_frame(e1, directed = FALSE, vertices = v_atts1)

# we can see only groups of size 2 and greater
comp1 <- components(g1)
table(comp1$csize)
#> 
#> 2 3 
#> 1 2

# now make attribute data that includes nodes that dont appear in e1
v_atts2 <- data.frame(ID = 1:10, foo=rnorm(10))
g2 <- graph_from_data_frame(e1, directed = FALSE, vertices = v_atts2) 

# now we see that there are isolated nodes
comp2 <- components(g2)
table(comp2$csize)
#> 
#> 1 2 3 
#> 2 1 2

# and inspecting the number of vertices we see that
# this is because the graph has incorporated vertices
# that appear in the metadata but not the edge list
length(V(g1))
#> [1] 8
length(V(g2))
#> [1] 10

如果您想避免这种情况，您可以尝试graph_from_data_frame(e1, directed=FALSE, vertices=x[x$ID %in% c(e1$ID, e1$ID.2),])，它将您的元数据子集化为仅连接的顶点。请注意，您可能需要检查您的 ID 没有被编码为具有未出现在数据中的级别的因素。