相对于相关值的节点大小

Question

我对 R 还很陌生，无法找到答案。有人问a similar question，但没有报告任何解决方案。如果我应该将此 Q 发布到不同的 stackexchange 上，我很抱歉，如果无法迁移，我将删除它。

使用我从 FDIC 提取的有关美国金融机构及其总资产持有量的数据，我想创建一个基本网络图，其中每个节点的大小与图中的其他节点成比例。每个节点也将标有金融机构的名称。

图的边现在实际上并不重要，但我希望每个节点至少通过一条边连接到网络。

到目前为止，我已经成功创建了一个非常基本的网络，其中包含 8 个银行，由我随机分配的边连接，as shown here（我显然还不能嵌入图片，对此感到抱歉）：

我的 .csv 文件将被格式化为：

id, bank, assets
1, JP Morgan Chase, 16928000
2, Bank of America, 19075000
... ... ...

对于我已经创建的图表，除了没有资产列之外，它与上面相同。也只有8个bank，我希望使用的文件有25个。

就像我已经说过的，至于边缘，我只是随机分配了一些。如果有人知道创建连接我创建的节点的随机边的更简单方法，请告诉我。否则，这就是我的文件现在的格式：

to, from
1, 2
1, 3
...

我创建了使用以下命令链接的图表：

> nodes <- read.csv("~/foo/foo/foo.csv")
> links <- read.csv("~/blah/taco/burrito/blah.csv")
> net <- graph_from_data_frame(d=links, vertices = nodes, directed = F)
> class(net)
> net
IGRAPH UN-- 8 10 -- 
+ attr: name (v/c), bank (v/c)
+ edges (vertex names):
 [1] 1--2 1--3 1--4 1--5 2--3 2--4 2--7 4--5 5--8 7--8
> plot(net, main = "Financial Intermediaries", edge.arrow.size=.4, vertex.size=25, vertex.label.cex=1.5, vertex.label.color="black", vertex.label=V(net)$bank)

我希望我清楚我的问题并提供了必要的详细信息/代码。如果没有，请告诉我，我会在这里发布。就像我说的，我对 R 真的很陌生（我今天真的把它捡起来了，哈哈），到目前为止我使用的大部分代码都或多或少地取自 Katya Ognyanova 在她博客上的示例/演示文稿。

为了清楚起见，我目前使用的是 RStudio（最新稳定版）和 R v3.2.5。

我一直只使用igraph 包，但如果我想要的不能用它来完成，我非常愿意切换到不同的包。也就是说，我想继续使用 R（除非真的有更简单的东西，它不能被忽视。我想坚持并学习 R）。

感谢您的任何帮助，我真的很感激。

Answer 1

正如@Osssan 在 cmets 中链接的那样，有一个部分解决方案漂浮在周围。

也就是说，我认为我创建的解决方案更多的是“黑客”解决方案，而不是我从上一个问题中收集到的正确解决方案。这就是我所做的。

在我的 csv 文件中，我有四列。在第三列中，我有给定银行的资产。 注意 因为我不知道如何在 R 内部进行数据操作，所以我不得不做一些工作来调整资产值的大小，这样它就不会导致节点覆盖整个图表。使用我的解决方案，您将不自动获得相对大小的节点。你必须先这样做。

由于我想创建一个节点（银行）的网络，这些节点（银行）的大小根据其各自的资产持有量而变化，所以我所做的就是创建一个像这样的单独向量

> df <- read.csv("~/blah/blah/blah.csv", colClasses = c("NULL","NULL", NA, "NULL"))

此命令的作用是读取 csv 文件，查看带有 colClasses 的标题并告诉解释器清空所有指定的列（非 NULL）。使用这个向量，然后我将它插入到我的绘图函数中：

> plot(net, main = "Financial Intermediaries", edge.arrow.size=.4, vertex.size=as.matrix(df), vertex.label.color="black")

我使用as.matrix(df) 制作矩阵并将其设置为vertex.size=。给定一个只有一维的向量，R 能够快速生成适当的矩阵（我猜）。

我仍然需要做一些重新标记和连接边缘，但它在图形中起作用。我绘制了按总资产持有量最大的 26 家商业银行（并将它们调整为占美国商业银行总资产的百分比），因此您会看到节点的大小从 26-1 增加。这是输出。

就像我说的，这个解决方案有效，但我不确定它是否被认为是适当的或洁净的。我欢迎任何人编辑此解决方案，以便澄清我的代码实际发生的情况，或者发布适当/优化的解决方案（如果存在）。在将其标记为已解决之前，我将在这篇文章中给出可靠的几天，因为我仍然希望在这个令人困惑的问题上得到可靠的答案。

P.S. 如果有人知道强制节点不重叠的方法，我将不胜感激评论解释如何做到这一点。如果您查看我的图片，您会发现当最大节点被其大小接近的对等节点覆盖时，使其他节点相形见绌的效果会减弱。