手动在python中绘制树状图答案

【问题标题】：Draw dendrogram in python manually手动在python中绘制树状图
【发布时间】：2011-06-26 13:57:35
【问题描述】：

我已经实现了一种算法来解决图中的聚类问题。我使用 python 库“python-graph”来表示图形。现在，在我计算的每一步（算法是迭代的）我必须绘制树状图的一部分。事实上，该算法是分裂的，从原始图开始计算集群。现在，我不知道用什么来绘制树状图（有人建议使用 PIL，但我正在寻找简单的东西，但我不知道如何使用 PIL）......你能建议一些东西并告诉我如何用它做情节吗？

注意：我阅读了其他问题，但似乎一切都使用使用自动计算集群的方法......这不是我想要的：我需要手动绘制树状图或至少找到一种表示方法计算要绘制的集群。

谢谢！

【问题讨论】：

标签： python python-imaging-library dendrogram

【解决方案1】：

可以在here 找到实现scipy dendrogram 的代码，这个简单的implementation 将帮助您继续前进。

【讨论】：

很难找到方法，要查看很多代码，我仍然无法弄清楚如何在生成树状图时绘制它...定义图像并不容易大小不知道最终结果。我认为更好的解决方案是创建树，以某种方式表示它并找到一个函数来绘制它。见这里：stackoverflow.com/questions/5957625/…
@Raffo：你检查过详细的方式gist.github.com/846567吗？恕我直言，这非常简单，您应该可以很容易地从中提取出您真正需要的东西。谢谢
代码我得挖一点，没仔细看.. 刚看到几乎没有cmets..

【解决方案2】：

也许另一种解决方案可能是这个： http://ete.cgenomics.org/ 我建议您从主要帮助 pdf 开始： http://ete.cgenomics.org/releases/ete2/doc/ete_tutorial.pdf

【讨论】：

【解决方案3】：

ETE python 工具包为您提供了许多绘制树的可能性。绘图引擎允许编程树渲染。树可以绘制为 PNG 或 SVG 图像。树状图可以表示为矩形或圆形树。

虽然 ETE 通常用于处理系统发育树，但它也提供了一个聚类模块，具有几种特殊的预定义可视化模式。

在http://packages.python.org/ete2/tutorial/tutorial_drawing.html查看一些示例

【讨论】：

【解决方案4】：

您可以在 scipy dendrogram 中使用绘图功能。为此，您需要生成与 scipy dendrogram 输出相同的数据。示例：

from scipy.cluster.hierarchy import dendrogram,  _plot_dendrogram
# Generate data for plot without plotting:
ddata = dendrogram(linked_data, no_plot=True)  

MaxVerticalAxis = 120  # You can choose max value or take it from ddata["ddcoord"]

#Plotting command:
_plot_dendrogram(ddata["icoord"], ddata["dcoord"], ddata["ivl"], 30,20, MaxVerticalAxis,  "top", False, ddata["color_list"], leaf_font_size=None, leaf_rotation=None, contraction_marks=None, ax=None, above_threshold_color='C0')

【讨论】：