在 Python 中使用 scipy 绘制树状图

Question

scipy dendrogram 文档说：

dendrogram(Z, ...)
    The dendrogram illustrates how each cluster is
    composed by drawing a U-shaped link between a non-singleton
    cluster and its children. ...It is expected that the distances in Z[:,2] be
    monotonic, otherwise crossings appear in the dendrogram.

我不清楚关于“预计 Z[:,2] 中的距离为 单调，否则在树状图中出现交叉”？图中的交叉是指什么？有人可以举一个例子，说明特定距离矩阵会发生这种情况并解释原因吗？

这是穿越的例子吗？在我看来，这只是由距离矩阵中的一些对称性产生的......

Answer 1

Z 应该指定集群的合并（合并了 2 个集群）和它们发生的“时间”，其中“时间”是树状图的 y 轴（这就是距离的意思）。 Z 通常被构造为使“时间”按递增顺序排列，这也使得绘图变得容易，因此 U 形状不会彼此重叠。如果您以不同的顺序绘制 U，它们可能会相互重叠并且看起来会很混乱 - 这就是所谓的交叉。

我跑了一个简短的例子，这是一个交叉口的例子：

底线：坚持正确的顺序。