比对 DNA 序列并标记 SNP答案

【问题标题】：aligning DNA sequences and marking a SNP比对 DNA 序列并标记 SNP
【发布时间】：2015-04-27 07:58:01
【问题描述】：

我有两个 fasta 文件。每个文件都包含具有特定物种的已知 SNP 的大鼠或小鼠中短基因组区域的序列。

File_1 :

>Rat_1
GGTGCCTGTGTATTGCCTCTGTCGACTGCCTTACGATGTGACCCGCTTCATGAT
>Rat_2
AAGCGGCCGGTTTCCTTGGCGACGAAGAGCGCGGGAATTTCAGATAGATTGTAATTGCGGCTGC
>Rat_3
GCAGCCATCTCTGCAACAATTGTGACAATGGCTGAGCCTAGCACAGACCCCAACAAAGAT


File_2 :

>Mouse_1
GGTGCCTGTGTATTACCTCTGTCGACTGCCTTACGATGTGACCCGCTTCATGAT
>Mouse_1_2
AAGCGGCCGGTTTCCTTGGCGTCGAAGAGCGCGGGAATTTCAGATAGATTGTAATTGCGGCTGC
>Mouse_1_3
GCAGCCATCTCTGCAACAATTGTGACAATGGTTGAGCCTAGCACAGACCCCAACAAAGAT

我要做的是找到 SNP 并在它周围提取大约 20 个碱基。结果应如下所示...

Resut_file :

>Rat_1
CTGTGTATTGCCTCTGTC
         ^  
>Mouse_1
CTGTGTATTACCTCTGTC
         ^

编程高手请赐教！！！

谢谢。

【问题讨论】：

这不是一个具体的编程问题，你基本上是想让我们写你的程序。另外，我们甚至不知道 SNP 是什么，因此很难找到它。

标签： linux dna-sequence

【解决方案1】：

输出差异有很多工具，例如vimdiff、diff 等。

试着看看类似的问题here

附：在这里问这样的问题是无关紧要的，你必须至少展示你试图做的事情。

【讨论】：