如何从应用函数中的 lm 函数中提取 p 值？答案

【问题标题】：How to extract the p-value from the lm function within the apply function?如何从应用函数中的 lm 函数中提取 p 值？
【发布时间】：2019-06-13 20:52:09
【问题描述】：

我在大约 700,000 列上重复 lm 函数。我正在使用 apply 函数在我的数据中的列上重复 lm 。然后我需要提取所有 pvalues。当我打印 lm 函数的摘要时，pvalue 列在 Pr(>|t|) 下。

我曾尝试使用pvals <- sapply(result,"[[", "p.value")，但结果为 NULL。

这是现在打印 3 列的 lm 摘要的代码（我正在使用较小的文件进行测试）。

result <- apply(dat4[,-c(1:27)], 2, function(x) {
  summary(lm(x ~ total + age + female + diagnosis_MDD + diagnosis_BP))
})
result

这只是一列的输出：

$cg05451842

Call:
lm(formula = x ~ total + age + female + diagnosis_MDD + diagnosis_BP)

Residuals:
      Min        1Q    Median        3Q       Max 
-0.008621 -0.002647  0.001077  0.002979  0.006320 

Coefficients:
                Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)    
(Intercept)    2.658e-02  3.428e-03   7.753 1.72e-09 
total         -3.603e-04  1.007e-03  -0.358   0.7224    
age           -1.123e-04  6.765e-05  -1.659   0.1049    
female         7.997e-04  1.268e-03   0.631   0.5318    
diagnosis_MDD -3.487e-03  1.534e-03  -2.273   0.0285   
diagnosis_BP  -1.692e-03  1.586e-03  -1.067   0.2926


Signif. codes:  0      0.001      0.01     0.05     0.1     1

Residual standard error: 0.004242 on 40 degrees of freedom
Multiple R-squared:  0.1723,    Adjusted R-squared:  0.06879 
F-statistic: 1.665 on 5 and 40 DF,  p-value: 0.1654

【问题讨论】：

标签： r apply lm p-value

【解决方案1】：

broom 包中的 tidy 函数通过为给定的回归模型生成系数和 p 值的标准数据框，使这更容易一些。您可以使用 map_df 遍历整个回归摘要列表并在每个列表元素上运行 tidy 函数，将所有模型中的所有回归系数和相关 p 值放入单个数据框中：

library(broom)
library(tidyverse)

regression.results = map_df(result, tidy, .id="outcome.var")

如果你只想要 p 值，你可以这样做：

p.values = regression.results %>% select(outcome.var, term, p.value)

或者，一步到位：

p.values = map_df(result, ~tidy(.x) %>% select(term, p.value), 
                  .id="outcome.var")

【讨论】：

【解决方案2】：

您正在创建一个不同对象的列表。你可以打电话给他们：

result[[i]]

您所要做的就是从中获取 p 值。既然你想要 Pr(>|t|) 你可以得到它们：

result[[i]]$coefficients[c(7,8)]

【讨论】：