计算R中点和最近邻居之间的平均距离答案

【问题标题】：Calculate average distance between point and closest neighbors in R计算R中点和最近邻居之间的平均距离
【发布时间】：2015-01-07 03:38:17
【问题描述】：

我正在尝试计算给定点与其最近邻居的 x 个之间的平均距离，以了解数据集的点与其邻居之间的距离。虽然使用earth.dist() 提供了所有点（和全局平均值）之间的完整距离矩阵，但我想找到一个点与其 5 个最近邻居之间的距离。例如：

frame <- data.frame(long = rnorm(100), lat = rnorm(100))
earth.dist(frame)
mean(earth.dist(frame))  # provides the global mean

非常感谢任何帮助您找到最近的邻居。

【问题讨论】：

标签： r distance geo

【解决方案1】：

要获得每个点的 5 个最近邻，您可以这样做

library(fossil)
set.seed(15)
frame <- data.frame(long = rnorm(100), lat = rnorm(100))
ed <- earth.dist(frame)
closen <- apply(as.matrix(ed), 1, function(x) order(x)[1:6][-1])

所以第一个点的最近邻居的索引是

closen[,1]
# [1] 41 26 13 75  7

【讨论】：

【解决方案2】：

我只会排序并取 first 的平均值（除了它的自距离）：

distM <- as.matrix( fossil::earth.dist(frame))
apply( distM, 1, function(x) mean( x[order(x)][2:6] ) )
#----------
        1         2         3         4         5         6         7 
 93.57153  56.06655 129.84690  95.13023  55.96412  70.57303  55.60863 
        8         9        10        11        12        13        14 
111.79244  17.56394  34.10893  21.80423  20.30025  29.57373  31.13890 
snipped

【讨论】：

【解决方案3】：

我也想出了如何使用lapply() 来做到这一点。

distM <- as.matrix( fossil::earth.dist(frame))
unlist(lapply(1:nrow(distM), function(x) mean(distM[x, order(distM[x, ])[2:6]])))

【讨论】：