gnu 并行：空间解释和进程内变量编辑

Question

我在使用 gnu 并行时遇到了两个问题。首先是最有趣的：

我有一个文件，其中一行包含两个由空格分隔的参数。这些参数应该一起传递给命令，以使命令可以将它们识别为单独的。

即

/path/to/A1 /path/to/A2  
/path/to/B1 /path/to/B2  
/path/to/C1 /path/to/C2

此外，我还有第二个变量作为数组。我希望将上面文件中的所有成对参数与所有数组值并行组合。

我快到了，我的代码如下所示。

parallel  -a $tmpdir/inputfiles.txt $instaldir/ribotagger.pl  \
                    -in {1}         \
                    -region {2}     \
                    -out $exitdir/$folder/ribotag.{2} \
                    ::: ${regions[@]}

然而，在这种情况下，并行解释 {1} 不是

/path/to/A1 /path/to/A2

但是作为

/path/to/A1\ /path/to/A2

因此，ribotagger 脚本将其解释为一个长参数，导致立即停止。

第二个问题，我希望每个并行创建的脚本实例的文件夹参数都不同。 我想到了类似的东西

-out $exitdir/$(echo {1} | cut -d "/" -f 4)/ribotag.{2}

但是，看起来 {1} 在 $(stuff) 中无法识别 该脚本需要一个输出参数才能运行。

Answer 1

我认为你需要这个：

parallel --colsep ' ' -a inputfiles.txt echo 1={1} 2={2} 3={3} ::: france germany | cat -vet
1=/path/to/C1 2=/path/to/C2 3=france$
1=/path/to/C1 2=/path/to/C2 3=germany$
1=/path/to/B1 2=/path/to/B2 3=germany$
1=/path/to/B1 2=/path/to/B2 3=france$
1=/path/to/A1 2=/path/to/A2 3=germany$
1=/path/to/A1 2=/path/to/A2 3=france$

对于输出文件，您可以使用{#}（即工作编号）来制定您喜欢的内容。