gunzip 即使知道文件名也找不到文件答案

【问题标题】：gunzip not finding files even though it knows file namesgunzip 即使知道文件名也找不到文件
【发布时间】：2014-07-11 17:32:28
【问题描述】：

我有一个简单的 bash 脚本，可以解压缩一个目录中的一堆文件：

#!/bin/bash

dir=/volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound
gunzip -f $dir/*gz*

但是当我运行这个命令时，我得到了这些错误：

gzip: /volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound/Compound_012650001_012675000.sdf.gz: No such file or directory
gzip: /volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound/Compound_012675001_012700000.sdf.gz: No such file or directory
gzip: /volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound/Compound_012700001_012725000.sdf.gz: No such file or directory
gzip: /volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound/Compound_012725001_012750000.sdf.gz: No such file or directory
... [this continues on for every file in the directory]

显然它正在查找目录中的每个文件，因为文件名列在错误中，但随后它无法解压缩并说找不到文件。这是怎么回事？

编辑有些文件确实被解压了，但仍然显示该文件的错误

【问题讨论】：

/volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound/Compound_012725001_012750000.sdf.gz 可以作为链接吗？
不，这些都是我手动放入目录的文件。
介意检查这些文件是否真的具有可读权限？ [[ -r /volatile/huanlab/bold/kendal/bioinformatics_database/tmp/compound/Compound_012700001_012725000.sdf.gz ]] && echo readable
这里是ls -al 在该目录-r--r--r-- 1 kharland jhuangroup 5609 Jul 6 15:30 Compound_009525001_009550000.sdf.gz 上的输出，所有文件都具有这些确切的权限。有趣的建议，我没想过这样做。我也刚刚意识到你给了我一个命令，输出结果是空的
我可以猜到这是某个地方的错误。如果不在 gunzip 中，它可能在其中一个库中。如果您改用gzip -d /path/to/file.gz 会有所不同吗？我很好奇你的 gzip 版本：gzip --version。

标签： bash zip gzip

【解决方案1】：

我想我找到了可能的原因：当您运行gunzip -f $dir/*gz* 时，文件被扩展并作为参数传递给gunzip。文件名扩展只发生一次并且不是动态的。即使文件被删除或重命名，参数也会保持原样。不知何故，如果您的某些文件在gzip 开始处理它们之前被删除（因为解压缩每个文件需要一些时间才能到达另一个文件），那么这些消息肯定会出现。

为了防止这些消息，您可以在处理之前检查每个文件是否仍然存在：

for file in "$dir"/*gz; do
    [[ -f $file ]] && gunzip -f "$file"
done

最好引用$dir 以防止分词。
如果目标文件名是以gz 结尾的文件名，则不要在末尾添加额外的*。

【讨论】：

这似乎做到了！非常感谢