【问题标题】:Can't compile subroutine with array output with f2py无法使用 f2py 编译具有数组输出的子例程
【发布时间】:2017-04-10 02:30:54
【问题描述】:

我有一个用 Fortran 编写的子例程,要用 f2py 编译,但编译失败。我不会在这里发布完整的子程序,但 MWE 是:

SUBROUTINE mwe(Vars, nxc, nyc, vCorr)
IMPLICIT NONE
real(kind=8), dimension(:,:,:,:) :: Vars
integer :: nxc, nyc
integer :: dims(4), nv, nt, nx, ny
real(kind=8), intent(out), allocatable :: vCorr(:,:,:,:)

dims = shape(Vars)
nv=dims(1)
nt=dims(2)
nx=dims(3)
ny=dims(4)
allocate(vCorr(nv, nt, 2*nxc+1, 2*nyc+1))

print*,size(vCorr)
print*,size(Vars)
END SUBROUTINE

这失败了

/tmp/tmpy43di1/src.linux-x86_64-2.7/mwe-f2pywrappers.f:30:31:

       call mwe(vars, nxc, nyc, vcorr)
                               1
Error: Actual argument for ‘vcorr’ must be ALLOCATABLE at (1)

这显然意味着 f2py 不接受可分配的输出数组。所以我试图通过将形状Vars 作为数组传递来规避这个问题,因此不必分配vCorr,这导致我使用了这段代码

SUBROUTINE mwe(Vars, nxc, nyc, dims, vCorr)
IMPLICIT NONE
real(kind=8), dimension(:,:,:,:) :: Vars
integer :: nxc, nyc
integer :: dims(4)
real(kind=8) :: vCorr(dims(1),dims(2),2*nxc+1,2*nyc+1)

print*,size(vCorr)
print*,size(Vars)
END SUBROUTINE

失败并出现此错误

/tmp/tmp0Y1S9x/src.linux-x86_64-2.7/mwemodule.c:296:39: error: called object ‘dims’ is not a function or function pointer
   vcorr_Dims[0]=dims(1),vcorr_Dims[1]=dims(2),vcorr_Dims[2]=2 * nxc + 1,vcorr_Dims[3]=2 * nyc + 1;

环顾四周后,我遇到了this page,这让我相信(即使我使用的是 f2py2,而不是 3)这是一个错误。

对此有什么建议吗?

【问题讨论】:

  • 建议不要使用可分配的数组参数。 F2py 不支持它们。周围可能有重复。另一个看起来像一个错误。
  • @VladimirF 是的,但是如果不支持使用可分配数组的选项,并且另一个给我一个错误,那么其他选项是什么?
  • 不要使用 dims 数组,而是使用单个标量变量 dim1 和 dim2。

标签: fortran f2py


【解决方案1】:

在第一个示例中,f2py 不支持可分配的数组参数。它们不适合 Python 数组。

在另一个示例中,f2py 无法理解 vCorr(dims(1),dims(2) 中的 dims(1),dims(2)。它不支持那里的数组元素。这是一个错误。

作为一种解决方法,对维度使用标量变量

SUBROUTINE mwe(Vars, nxc, nyc, dim1, dim2, vCorr)
  integer, parameter :: dp = kind(1.d0)
  real(dp), dimension(:,:,:,:) :: Vars
  integer :: nxc, nyc
  integer :: dim1, dim2
  real(dp) :: vCorr(dim1,dim2,2*nxc+1,2*nyc+1)

注意:kind=8 丑陋且不可移植。真正的含义不是 8 字节,尽管在许多编译器中它确实对应于 8 字节实数。但并非所有人。即使是好旧的double precision 也更好。

【讨论】:

  • 我理解这一点,但我试图避免这种情况,因为我的计划是将这个例程扩展到更多维度(可能是 6 或更多)的数组。因此,以正确的顺序传递这么多单独的整数就成了一个问题。就没有别的办法了吗?
  • 我不这么认为。您可以尝试派生类型,我预计会出现同样的问题。
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