将networkx图转换为igraph图时出现问题答案

【问题标题】：Having problems converting networkx graph to igraph graph将networkx图转换为igraph图时出现问题
【发布时间】：2019-12-08 14:53:41
【问题描述】：

我希望获取在 networkx 中创建的图形 G 并将其转换为 igraph g，以与 leidenalg 社区检测包一起使用。这曾经对我有用，但现在我遇到了问题。

在运行 Catalina OSX 的 Mac 上的 Jupyter 笔记本中使用 Python 3。 Python-igraph 是 0.7.1.post7 版本。

import numpy as np
import networkx as nx
import igraph as ig
A=np.matrix([[0,7,7,0,0],[7,0,6,0,0],[7,6,0,2,1],[0,0,2,0,4],[0,0,1,4,0]])
G=nx.from_numpy_matrix(A)
nx.write_graphml(G,'graph.graphml')
g = ig.read('graph.graphml',format="graphml")

错误消息说“模块'igraph'没有属性'read'” 用

替换最后一行

g=ig.Read_GraphML('graph.graphml')

不会消除错误消息。

出于某种原因，这在 Spyder 和 Python 3.7 中确实有效

【问题讨论】：

标签： python networkx igraph

【解决方案1】：

我的猜测是你在你的 virtualenv 中安装了错误的包。

有2个库：

igraph（与pip install igraph一起安装）
python-igraph（与brew install igraph && pip install python-igraph 一起安装）。这是包含read 方法的那个。

两者都可以称为import igraph。

尝试运行pip freeze 以检查您的环境中是否安装了正确的软件包。

【讨论】：

是的，我使用 pip install 和 brew install 安装了 python-igraph 0.7.1.post7。 pip freeze 显示 python-igraph 但没有 igraph。