如何将复杂函数应用于 MATLAB 中 .csv 文件的每一行？

Question

我想从 Toker 等人的论文中应用具有特定功能 (chaos;https://figshare.com/s/80891dfb34c6ee9c8b34) 的外部代码。 2020 (https://www.nature.com/articles/s42003-019-0715-9#Sec1) 以测试我的数据是随机的还是混乱的。

我尝试了循环，for，cellfun，但在这种情况下这些都不起作用。

当我尝试使用以下代码时：

T = readtable('ibfrq3.csv');
C = table2array(T);
D = num2cell(C, 2);
rowSums = cellfun(@sum, D)
chaos = cellfun(@chaos, D)

我收到三个错误：

Unable to perform assignment because the size of the left side is 1-by-14 and the size of the right side is
1-by-3.

Error in chaos>surrogate (line 989)
        surr(k,:)=unwrap(horzcat(st,parts{randperm(j)},en));

Error in chaos (line 157)
            [surr, params] = surrogate(zscore(surr_y), num_surr, 'CPP', 1, 1); 

有趣的是，我能够使函数工作，但仅适用于单独的行（通过将它们复制到方括号中并标记为 y 例如y = [1,2,3,4,5,6,7,8,9,5,6,7,8,8]）。

我想要的输出是带有 chaos 函数输出的字符串（或者理想情况下是添加到我的 .csv 中的一列）（每行一个字：“随机”或“混乱”，具体取决于结果）。

我的数据在这里：https://drive.google.com/file/d/1I2BChrv0iqNr1dcEKTQKxKF7DDl_hF23/view?usp=sharing .csv 包含不同时间段的等位基因频率。

编辑： 尝试

numRows = size(C, 1);
for row = 1:numRows
    result(row) = chaos(C(row,:));
end

产生与上述类似的错误。

我还尝试在我的数据上逐行运行代码以检查哪一行导致使用问题

row1 = C(1,:);
chaos(row1)

对于每一行。有趣的是，它可以完美地为第 1、3-9、11-100 行提供所需的输出。第 2 行和第 10 行与其他行没有区别，并且不包含任何特殊字符或值。我不知道他们有什么问题。

Answer 1

cellfun（及其近亲arrayfun）在这里不适合，因为它们分别将函数应用于数组的每个元素，而您想将函数应用于每一行。此外，您正在为 chaos 分配一个值，该值已经是一个函数的名称，这可能会导致令人困惑的行为。

如果C 是一个m x n 数值数组，并且chaos 是一个将行向量作为输入并返回一个标量值作为输出的函数, 那么

numRows = size(C, 1);
for row = 1:numRows
    result(row) = chaos(C(row,:));
end

将创建一个 1 x m 向量result，其中包含C 每一行的函数输出。

如果chaos 函数返回一个字符向量，您需要将结果存储在一个元胞数组中，方法是将循环内的行更改为

result{row} = chaos(C(row,:));

但是，您添加到问题中的错误消息表明还有另一个问题，因为它告诉我们chaos 函数内部的操作失败。如果您说 chaos 一次给它一行数据时似乎可以正常工作，那么您的数组 C 不包含您认为的内容，或者有一行数据导致它由于某种原因失败。您需要对此进行调试。首先，您可以在循环中添加一个disp(row)，它将显示C 的哪一行导致了错误。