使用 ggplot 将数据框的每一列绘制为一条线

Question

整个数据集描述了一个模块（或集群，如果您愿意）。

为了重现示例，数据集可在以下位置获得： https://www.dropbox.com/s/y1905suwnlib510/example_dataset.txt?dl=0

（54kb 文件）

你可以读作：

test_example <- read.table(file='example_dataset.txt')

我想在我的情节中拥有的是this

在图上，x 轴是我的时间点列，y 轴是数据集上的列，最后 3 列除外。然后我使用 facet_wrap() 按 ConditionID 列分组。

这正是我想要的，但我实现这一点的方法是使用以下代码：

plot <- ggplot(dataset, aes(x=Timepoints))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,1],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,2],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,3],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,4],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,5],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,6],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,7],colour = dataset$InModule))
plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,8],colour = dataset$InModule))
...

如您所见，它不是很自动化。我想过放一个循环，比如

columns <- dim(dataset)[2] - 3
for (i in seq(1:columns))
{
  plot <- plot + geom_line(aes(y=dataset[,i],colour = dataset$InModule))
}
(plot <- plot + facet_wrap(  ~ ConditionID, ncol=6) )

这行不通。 我找到了这个话题 Use for loop to plot multiple lines in single plot with ggplot2 对应于我的问题。 我尝试了使用 melt() 函数给出的解决方案。

问题是当我在我的数据集上使用 melt 时，我丢失了 Timepoints 列的信息以绘制为我的 x 轴。我就是这样做的：

data_melted <- dataset
as.character(data_melted$Timepoints)
dataset_melted <- melt(data_melted)

我尝试使用聚合

aggdata <-aggregate(dataset, by=list(dataset$ConditionID), FUN=length)

现在有了 aggdata，至少我有关于我拥有的每个 ConditionID 有多少个时间点的信息，但我不知道如何从这里开始并将其结合到 ggplot 上。

谁能给我建议一个方法。 我知道我可以使用丑陋的解决方案，即使用 rbind 在循环中创建新数据集（也在该链接中给出），但我不想这样做，因为这听起来效率很低。我想学习正确的方法。

谢谢

Answer 1

您必须在致电melt.data.frame 时指定id.vars 以保留您需要的所有信息。在对ggplot 的调用中，您需要指定正确的分组变量以获得与以前相同的结果。这是一个可能的解决方案：

melted <- melt(dataset, id.vars=c("Timepoints", "InModule", "ConditionID"))
p <- ggplot(melted, aes(Timepoints, value, color = InModule)) +
  geom_line(aes(group=paste0(variable, InModule)))
p