如何用 R 绘制关联性？答案

【问题标题】：How to plot assortativity with R?如何用 R 绘制关联性？
【发布时间】：2013-06-19 19:59:17
【问题描述】：

我在有关分类性（网络）的文献中找到了下图。我想用 R & igraph 以类似的方式绘制我的网络。图上的每个点都对应一个网络边。在我的例子中，x 轴应该代表源节点的度数，y 轴应该代表目标节点的度数。我是 R 的初学者，因此如果有人可以帮助我绘制这个，我将不胜感激。

我现在使用来自 Vincent Zoonekynd 的代码并得到下图。但是我认为它仍然没有显示出完全正确的东西。轴上的节点应按其度数排列。当我查看绘图时，我看到一些高度节点位于轴标记 42、100 或 175 周围。这没有多大意义。这里的排名过程有问题吗？

A <- get.adjacency(USAN_g_num)            
image(A,  ylim=c(0,627))             
i <- rank( degree(USAN_g_num), na.last=NA, ties.method="first" )
image(A[i,i], ylim=c(0,627))

（我在代码中添加了一个 ylim，以便将低低度和高高度都绘制在左下角和右上角的同一个角落）但是我的情节应该看起来与我上面展示的不同，这是正确的，因为我的数据是不相关的。

【问题讨论】：

你看过?igraph.plot吗？请尝试自己进行一些研究，并在此处发布之前分享您尝试过的内容以及失败的原因。
@Justin：好吧 ?igraph.plot 实际上不适用于我的版本，但我还是检查了 igraph 的绘图命令。没有找到创建我需要的情节的命令。我的想法是，我首先需要一个对应源节点和目标节点度数的矩阵。之后，我可以尝试用点（如上所示）或某种相关矩阵图来绘制它。但我很难将我的想法融入 R 代码。

标签： r igraph sna

【解决方案1】：

它看起来像一个图的邻接矩阵，节点按度数排序。

# Sample data
library(igraph)
library(Matrix)
g <- erdos.renyi.game(10, p=1/2) + erdos.renyi.game(10, p=1/2)

# Plot the adjacency matrix
A <- get.adjacency(g)
image(A)

# In this example, sorting the nodes by degree is not a good idea
i <- order( degree(g) )
image(A[i,i])

【讨论】：

谢谢。我用你的代码试过了，效果很好。但是我认为排名过程出了点问题。我在上面更新了我的初始帖子。如果你能看看就完美了。再次感谢。
哦，太好了，谢谢。我也试过sort，但你是对的，order是正确的方法。
我无法重现这个。image() 不接受邻接矩阵（？）
@jO.: get.adjacency 现在返回一个稀疏矩阵：您需要显式加载 Matrix 包。