如何使用 qsub Univa 8.1.7 在多个节点上安排作业？

Question

我希望能够在多个节点上安排一个作业，每个节点一个进程。我还希望该进程使用使用该节点上所有可用内核的线程。我知道“ppn”用于调度 PBS 作业，所以我使用 Univa 调度程序进行了尝试。冒号分隔符不起作用，所以我使用了两个“-l”标志。我试过了

qsub -cwd -j y -l nodes=4 -l ppn=1 -N hellonodes mpirunscript.sh

这给了

无法运行作业：未知资源“ppn”。

退出。

在 qsub 的手册页中指出

complex(5) 描述了可用资源列表及其 可以获得相关的有效值说明符。

很遗憾，我正在使用的集群上不存在此类文档。但是，我找到了一个here。最终我发现要获取可设置资源值的列表，我需要运行

qconf - sc

这个输出如下（缩写）：

#name               shortcut   type        relop   requestable consumable default  urgency 
#------------------------------------------------------------------------------------------
...
cpu                 cpu        DOUBLE      >=      YES         NO         0        0
...
m_numa_nodes        nodes      INT         <=      YES         NO         0        0
m_socket            socket     INT         <=      YES         NO         0        0
m_thread            thread     INT         <=      YES         NO         0        0
...
num_proc            p          INT         ==      YES         NO         0        0
...
slots               s          INT         <=      YES         YES        1        1000
...

“ppn”（PBS 的每个节点的进程）没有列出，我也找不到类似的东西。谁能告诉我这是否可行，如果可以，怎么做？

Answer 1

由于它是并行作业，您需要使用 -pe 请求并行环境 管理员必须首先创建一个满足您要求的并行环境。然后它是持久的，可以用于这种类型的并行作业。见：http://www.gridengine.eu/mangridengine/htmlman5/sge_pe.html

用于创建并行环境：qconf -ap mype 列出所有 PE：qconf -spl 然后将 PE 附加到您的队列：qconf -mq all.q（如果是 all.q） --> "pe_list mype"

重要的是：allocation_rule 这里需要设置：1 --> 这意味着每个计算主机一个进程。

将插槽设置​​为较高的值（例如集群中的核心数量）。这是使用此并行环境的所有作业的限制。

然后您或您的用户可以开始您的工作：qsub -pe mytpe 8 myscript.sh

然后，您将获得 8 个计算节点用于此作业，每个节点有 1 个插槽。 qstat -g t 告诉你在哪里。

这有帮助吗？

丹尼尔