如何修复'gcc：错误：“/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a”：R中没有这样的文件或目录'答案

【问题标题】：How to fix 'gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a": No such file or directory' in R如何修复'gcc：错误：“/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a”：R中没有这样的文件或目录'
【发布时间】：2020-02-11 04:16:45
【问题描述】：

我正在尝试在 R 中安装 minfi：

BiocManager::install("minfi")

但是在编译 HDF5Array 的过程中安装停止并出现以下错误：

gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libhdf5.a": No such file or 
directory
gcc: error: "/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/libsz.a": No such file or 
directory
make: *** [HDF5Array.so] Error 1
ERROR: compilation failed for package ‘HDF5Array’

我已经安装了 rhdf5 和 Rhdf5lib 包以及文件 R“看不到”实际上存在于它应该存在的确切目录 (/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/) 中“搜索”它们。

ls /usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/
libhdf5.a  libhdf5_cpp.a  libsz.a

我的 R 版本是 3.6.0，我的 GCC 版本是 4.8.5 20150623 (Red Hat 4.8.5-39)，我的 CentOS 发行版是 7.6.1810

如果有任何建议，我将不胜感激。

谢谢。

【问题讨论】：

/usr/lib64/R/library/Rhdf5lib/lib/ 中的文件是你的还是root的？（即，您对它们有 r + x 权限吗？）
我以 root 身份登录。

标签： r linux centos rhdf5

【解决方案1】：

我遇到了同样的问题。 http://bioconductor.org/checkResults/release/bioc-LATEST/HDF5Array/ 提到“HDF5Array(1.12.2)”安装失败。所以等待改进。

有一种方法：安装旧版本的“HDF5Array”。

url<-"https://bioconductor.org/packages/3.8/bioc/src/contrib/HDF5Array_1.10.1.tar.gz"
install.packages(url,repos=NULL,type="source")
BiocManager::install("minfi")

【讨论】：