/usr/lib64/libhdf5* 与 /usr/lib64/openmpi/lib/libhdf5*

Question

在我们的 RHEL 6.6 机器上，我们安装了以下两个包

hdf5-1.8.5.patch1-7.el6.x86_64 (provides /usr/lib64/libhdf5*)
hdf5-openmpi-1.8.5.patch1-7.el6.x86_64 (provides /usr/lib64/openmpi/lib/libhdf5*)

这些似乎提供了我认为是重复的库（即 libhdf5.so.6.0.4），但执行 md5sum 显示它们并不相同。

1) 这是一个不好的做法/实际问题吗？我们的一位用户声称拥有这样的重复库会给他带来依赖关系的噩梦。

2) 假设这是一个问题，我们如何“修复”它？删除一个或另一个可能会对依赖我们删除的软件包的其他人造成破坏。

Answer 1

这些不是重复的库，既不是坏习惯，也不是实际问题。 HDF5 可以在支持或不支持 MPI 的情况下构建。使用 MPI 支持构建时，HDF5 库只能与同样针对同一 MPI 库构建的应用程序链接。这就是为什么有单独的 HDF5 包的原因：

• hdf5-1.8.5 - 在非 MPI 应用程序中使用未启用 MPI 的构建
• hdf5-openmpi-1.8.5 - 启用 MPI 的构建，使用 Open MPI
• hdf5-mpich-1.8.5 - 启用 MPI 的构建，使用 MPICH

实际的共享对象安装在不同的地方，这样它们就可以在同一个系统上共存。

Answer 2

这应该不是问题。如果您正在编写并行代码，则链接到并行/OpenMPI 版本。

This Fedora page 指出它们是从同一来源构建的，因此强烈暗示它们已经在所提供的配置中进行了测试，不应发生冲突。