将networkx图保存到json图的方法？答案

【问题标题】：Method to save networkx graph to json graph?将networkx图保存到json图的方法？
【发布时间】：2010-07-02 02:21:19
【问题描述】：

好像networkx中应该有导出json图形格式的方法，但是我没看到。我想这应该很容易用 nx.to_dict_of_dicts() 完成，但需要一些操作。有人知道一个简单而优雅的解决方案吗？

【问题讨论】：

JSON 图形格式到底是什么？
基本上是节点和邻接的列表，但有点与简单和扩展版本混淆：thejit.org/static/v20/Docs/files/Loader/Loader-js.html
@Bob 嗨，你知道吗，如何从 c++ 中读取？

标签： python json graph networkx

【解决方案1】：

此documentation 包含完整说明

一个简单的例子是这样的：

import networkx as nx
from networkx.readwrite import json_graph

DG = nx.DiGraph()
DG.add_edge('a', 'b')
print json_graph.dumps(DG)

您还可以查看 Javascript/SVG/D3 很好的示例，将物理添加到图形可视化中。

【讨论】：

AttributeError: 模块 'networkx.readwrite.json_graph' 没有属性 'dumps'
添加物理示例的链接已损坏。

【解决方案2】：

这是我刚刚使用的 JSON 方法，以及用于读取结果的代码。它会保存节点和边缘属性，以备不时之需。

import simplejson as json
import networkx as nx
G = nx.DiGraph()
# add nodes, edges, etc to G ...

def save(G, fname):
    json.dump(dict(nodes=[[n, G.node[n]] for n in G.nodes()],
                   edges=[[u, v, G.edge[u][v]] for u,v in G.edges()]),
              open(fname, 'w'), indent=2)

def load(fname):
    G = nx.DiGraph()
    d = json.load(open(fname))
    G.add_nodes_from(d['nodes'])
    G.add_edges_from(d['edges'])
    return G

【讨论】：

这似乎不再起作用了。特别是，“有向图”对象没有属性“边”。

【解决方案3】：

一般我使用以下代码：

import networkx as nx; 
from networkx.readwrite import json_graph;
G = nx.Graph();
G.add_node(...)
G.add_edge(...)
....
json_graph.node_link_data(G)

它将创建 json 格式的图形，其中节点位于 nodes 中，边位于 links 中除了关于图形的其他信息（方向性，...等）

【讨论】：

【解决方案4】：

试试这个：

# Save graph
nx.write_gml(G, "path_where_graph_should_be_saved.gml")

# Read graph
G = nx.read_gml('path_to_graph_graph.gml')

【讨论】：

【解决方案5】：

其余的解决方案对我不起作用。来自networkx 2.2documentation：

nx.write_gpickle(G, "test.gpickle")
G = nx.read_gpickle("test.gpickle")

【讨论】：

【解决方案6】：

节点和边是否有足够的信息？如果是这样，您可以编写自己的函数：

json.dumps(dict(nodes=graph.nodes(), edges=graph.edges()))

【讨论】：